Усадьба Знаменское-Губайлово принадлежала боярам Волынским, позднее - князьям Долгоруким, в том числе знаменитому военачальнику Василию Долгорукову-Крымскому. Первая небольшая усадебная церковь была построена здесь еще при Волынских. В начале XX века последними владельцами имения купцами Поляковыми церковь была перестроена, расширена и приобрела свой нынешний облик. Над могилой своего отца рядом с обновленной церковью братья Поляковы поставили часовню-усыпальницу в русском стиле.
Двойное название Знаменское-Губайлово образовано от усадьбы Знаменское, именовавшееся так по церкви, и располагавшейся в старину в четверти версты далее по дороге деревни Губайловой. Уже давно оба этих пункта, как и бывшее приходское село Чернево, находятся в черте города Красногорска. Каменный храм Знамения Пресвятой Богородицы в Знаменском-Губайлово был построен еще в 1680-е годы владельцем имения боярином Иваном Волынским. Приходским храм не был, так как селом и центром прихода было расположенное неподалеку Чернево с Успенской церковью. Вот как описывался Знаменский храм в усадьбе Знаменское до его перестройки Поляковыми:
Он был очень мал; видно, что он устроен был владельцем имения для себя и своих, может быть, дворовых людей, так как по обеим сторонам храма, за клиросами, находились особые местечки, на одну ступеньку выше остального пола, обитые сукном и обнесенные решетками. По своей форме старый Знаменский храм был устроен скорее в виде креста, чем корабля; притвор его был гораздо уже средней части храма, представляющей из себя высокую, в три яруса башню, внизу четвероугольную, а выше - восьмиугольную.
Иконостасы и сами иконы в церкви почти все относились к концу XVIII столетия, и были связаны уже с семьей других владельцев Знаменского - князей Долгоруковых. Среди них наиболее известным был Василий Долгоруков-Крымский - один из покорителей Крыма.
Князь Василий Михайлович Долгоруков с отроческих лет стал служить в армии рядовым солдатом. В годы правления императрицы Анны Иоанновны Долгоруковы находились в опале и не могли получать чинов и наград. Анна Иоанновна отправила в Крым генерала Миниха, и в его рядах как раз был юных солдат Василий Долгоруков. При штурме Перекопа Долгоруков проявил такую храбрость, что был произведен в офицеры, несмотря на опалу его семьи.
Когда на царский престол взошла Елизавета Петровна, Долгоруковым вернули их чины и имения. В эти годы Василий Долгоруков уже командовал Тобольским пехотным полком, сражаясь у берегов Рейна. Участвовал он и в нескольких Прусских походах. Но главным его триумфом стала кампания против Турции при покорении Крыма. 35 лет спустя Василий Долгоруков снова сражался в Крыму, но он уже был не рядовой, а генерал с 38-тысячной армией.
Всего за 2 недели Долгоруков занял важнейшие крепости Крыма. В 1770 году он взял Кафу - нынешнюю Феодосию, о чем еще будет упомянуто далее. По знаменитому Кючук-Кайнарджийскому миру полуостров Крым получал независимость от Турции. Присоединение Крыма к Российской империи состоялось 10 лет спустя, но Василий Долгоруков, которому императрицей было позволено добавлять к своей фамилии "Крымский", не дожил до этого дня. Екатерина II писала Долгорукову:
Благодарствую вам за то, что вы не оставили мне дать знать, что вы уже подняли российский флаг на Черном море, где давно не казался, а ныне веет на тех судах, кои противу нас неприятель употребить хотел.
В 1780 году Долгоруков-Крымский стал генерал-губернатором Москвы. Однако пробыл в этой должности только 2 года. Из-за болезни 60-летний князь уже не мог вставать с кровати. Он скончался в 1782 году и был похоронен в усадьбе Полуектово в Рузском районе. А в имении Знаменское-Губайлово до настоящего времени сохранился рядом с церковью главный дом, построенный Долгоруковым-Крымским.
Центром прихода в XIX веке было соседнее со Знаменским село Чернево, где стояла хотя и каменная, но маловместительная Успенская церковь. В 1873-1897 годы на средства купцов Поляковых была расширена и перестроена церковь в Чернево.
Знаменская церковь в Знаменском-Губайлове также получила свой нынешний облик при последних до революции владельцах Знаменского-Губайлова купцах Поляковых. В 1905 году на средства купца Александра Полякова основательно перестроили старый каменный храм, и впоследствии образовали отдельный от Чернева приход с собственным причтом.
Основатель торговой династии Александр Яковлевич Поляков происходил из богородских купцов, совместно с братьями владел текстильной фабрикой на реке Баньке. Это и два других предприятия впоследствии были объединены в "Товарищество Знаменской мануфактуры".
Александр Поляков скончался в 1907 году и был погребен у Знаменской церкви. Его дети построили над могилой отца изящную часовню по проекту архитектора Ильи Бондаренко. Внутри и снаружи часовню украшали майоликовые плитки и изразцы Абрамцевской мастерской. Большая часть панно была утрачена в советские годы. Несколько лет назад декор часовни был восстановлен по старым эскизам и фотографиям, но подлинными являются только панно со словами: "глас Сына" и "оживут". Полностью эта библейская цитата звучит так:
Аминь, аминь глаголю вам, яко грядет час и ныне есть, егда мертвии услышат глас Сына Божия и услышавше оживут.
В 1893 году купцы Поляковы открыли недалеко от Знаменской церкви в одной из "долгоруковских" усадебных построек приют для новорожденных. Он был рассчитан на 10 детей и являлся вторым таким заведением в Московском уезде.
В Знаменском храме хранилась семейная икона прежних владельцев Знаменского-Губайлова. На ней были изображены Василий Блаженный и евангелист Лука. Внизу иконы была подпись: "Василий Николаевич Долгоруков родился 1822 года, октября с 17 на 18 в 2 часа ночи".
Священник И. Соловьев, будучи временно в Губайлове, обратил внимание на два необычных барельефа, которые были "вмазаны" в стену паперти Знаменской церкви под колокольней. На них были изображены великомученик Георгий Победоносец и святая Мария Магдалина. Священник описал эту находку 1888 году в отдельной брошюре. Оказалось, что барельефы очень древние и связаны с князем Василий Долгоруковым-Крымским.
На камнях имелись надписи на латинском и греческом языках, и, возможно, эти образы были созданы еще в XIV веке. В Московских церковных ведомостях писали:
Из надписей на барельефах (на первом греческая, на втором - латинская) узнаем, что барельефы по происхождению своему относятся к XIV веку. Они привезены были из города Кафы (основан в 1226 году генуэзцами, ныне - Феодосия) бывшим владетелем Губайлова В. М. Долгоруким Крымским, который в 1770 году взял Кафу у турок приступом. Мы сами видели эти победные трофеи и можем свидетельствовать, что они описаны в брошюре о. Соловьева с замечательною подробностию и точностию.
В советские годы Знаменская церковь была закрыта и перестроена. После возобновления Знаменского прихода в 1990-е годы новые интерьеры храма были почти полностью украшены мозаикой. Центральные композиции создал известный современный художник-мозаичист Александр Корноухов.