Посевы сои могут повреждать около 50 различных вредителей, поражающих всходы, листья и стебли, бобы и семена в соответствующие фазы формирования этих органов. Снижение урожайности сои от вредителей может достигать 25–35 %, вплоть до полной гибели посевов при эпизоотиях. Решающее значение в борьбе с вредителями также имеют профилактические меры.
Очень ранние сорта меньше страдают от повреждения паутинным клещом и акациевой (бобовой) огневкой. Многие вредители используют для перезимовок и размножения сорные растения по краям полей, обочинам дорог и вдоль лесополос, поэтому необходимо уничтожать эти сорные растения и обрабатывать лесополосы химическими и биологическими препаратами. Глубокой зяблевой вспашкой плугами с предплужниками уничтожаются зимующие гусеницы акациевой огневки, клубенькового долгоносика, соевой полосатой блошки, люцерновой и хлопковой совки и других. Широкорядный способ посева позволяет проводить глубокое рыхление почвы в междурядьях и уничтожать вредителей, окукли