В 1989 г. в Узбекистане проживало около 93 тыс. человек (7 этнических общин), исповедующих иудаизм. Они делятся на евреев-ашкенази (европейских) и евреев яхуди-бухори, или бухарских, которые преобладают в Средней Азии. В конце XVIII века в духовной жизни бухарских евреев произошли значительные реформы: вместо персидского обряда, которым пользовались местные евреи, был введён сефардский ритуал.
На землях современного Узбекистана среднеазиатские евреи осели в городах Самарканде, Каттакургане, Коканде, Ташкенте, Шахрисабзе, Кермине, в меньшем количестве — в Хиве и Ургенче. Больше всего их проживало в Бухаре, где они селились в трёх слободах. Еврейское кладбище, очень древнее, находилось в центре города. Н. Ханыков в своей книге «Описание Бухарского ханства» (1843) даёт план старой Бухары с обозначением еврейского квартала и кладбища. В настоящее время на нём покоится более 8 тыс. человек. Действуют миква (бассейн для омовений) и ханакох-часовня (синагога-молельня), где читают «хаккофот» перед захоронением, а также другие хозяйственные помещения. Кладбище взято под охрану как объект культурного наследия.
По закону, где бы иудеи ни жили, у них должно быть своё кладбище. Средства на их содержание собирались в синагогах, где также устраивались поминки.
В исторических документах конца XV — XVI вв. упоминается еврейский квартал в Самарканде. Существуют версии, что семиты были в этом городе значительно раньше. Яхуди (евреев) хоронили у мазаров Хазрат-и Хызр, Ходжа Даниель, Ходжа Абди Дарун, Ходжа Абди Берун, а также в селениях Дахмет, Мулиен-и Якум и др.
С 1830-х годов стало популярным большое кладбище на юго-восточном склоне городища Афрасиаб. Там были построены ритуальные сооружения — хадарт охара для омовений и хонакох.
На раннем этапе бухарские евреи строго следовали предписаниям иудаизма в погребальной обрядности: запрещалось изображать портреты на надгробиях, устанавливать скульптуры и перегородки между могилами. Но примерно полвека назад эти запреты были нарушены. Перестали соблюдать и другую традицию — захоронение в один ряд по фамилиям. На всех надгробиях сверху обычно писали две буквы «ПН», означавшие «поним нефеш» («лицо покойного»). Историк М. М. Абрамов, обследовавший бухарско-еврейские некрополи Самарканда и его окрестностей, отметил, что эта традиция прерывается в конце 1920-х годов.
Надписи на надгробиях сначала делались на иврите и еврейско-таджикском языке, а с начала XX в. — также на русском. Старые памятники, выполненные местными иудейскими камнерезами, отличаются изяществом шрифта (ивритского, арабского, латинского, кириллического).
Р. Назарьян пишет, что бухарско-еврейское кладбище на Афрасиабе евреи называли «13-й участок», считая его продолжением жилой махалли, делившейся на 12 участков (по числу колен Израилевых).
С 1832 по 1975 гг. на кладбище зарегистрировано 4294 надгробия бухарских евреев и 729 — ашкенази. Здесь похоронены известные представители общины: Я. Н. Гадоев, Ю. Н. Кураев, Ю. И. Клизаров, Б. Калхот, Л. Бабаханов, М. Д. Толмасов и М. Абрамов. Часто здесь хоронили иудеев из Кыргызстана по их просьбе — на малой родине, в Самарканде или Бухаре.
В Ташкенте в 1860-х годах, по данным А. Н. Добросмыслова, насчитывалось не более 100 евреев (27 семей). По преданию, они пришли сюда из Бухары около четырёхсот лет назад. Раввина не имели, ограничиваясь одним резаком. В городе была одна синагога. «Небольшое кладбище за городскими стенами было их единственной недвижимостью», — писал Добросмыслов. М. Черняев, при взятии Ташкента, предлагал евреям отдельный участок для поселения, но те, опасаясь сартов, отказались. Старое бухарско-еврейское кладбище уже оказалось в городской черте и граничит с улицей Фароби. Здесь установлен памятник землякам, погибшим во Второй мировой войне, с вечным огнём. Есть отдельная зона, где покоятся горские и грузинские евреи — их обряды несколько европеизировались.
Когда-то большая община бухарских евреев была и в Кермине. Теперь о ней напоминают лишь надгробия, за которыми ухаживает американская бухарско-еврейская община. Территория мемориала утопает в зелени виноградников и яблонь.
В Каттакургане еврейский квартал появился в XVIII веке. Некрополь бухарских евреев расположен за городом на возвышении (из-за близких грунтовых вод). Сегодня от общины остались две семьи, но кладбище в хорошем состоянии, с множеством надгробий из благородных пород камня. Аллеи украшают стенды со стихами восточных поэтов.
В последние годы, с ростом оттока яхуди в Израиль и США, в стране создана Бухарско-еврейская ассоциация, разработавшая концепцию сохранения исторических мест, связанных с пребыванием иудеев в крае.