Сюжет:
Перед началом игры нужно выбрать параметры для процедурной генерации мира. Игрок может ввести в специальном поле начальное значение («зерно») для генератора псевдослучайных чисел, позволяющего создавать уникальные миры, или оставить его пустым. В таком случае игра сделает это автоматически, используя для начального значения время на системных часах. Два мира, созданные с одним и тем же «зерном», будут одинаковы. Далее игрок может настроить игровые правила и выбрать тип мира: например, «суперплоский» или «расширенный» , с огромными океанами и горами. По умолчанию создаётся мир со множеством различных биомов относительно небольшого размера, но игрок может выбрать тип мира с биомами, увеличенными в 16 раз.
Игровой мир состоит из расставленных в фиксированном порядке кубов (блоков) и практически не имеет ограничений в пространстве. В Minecraft нет каких-либо конкретных целей или сюжета — всё строится на том, чтобы игрок импровизировал во время игры. В целом игра строится на добывании и размещении блоков, различающихся между собой текстурой, физикой и другими признаками, и создании предметов из ингредиентов. Возможность сооружать различные конструкции делает Minecraft схожей с конструктором Lego. Также игрок может получать достижения за определённые действия.