Сергей Шахрай по праву считается одной из ключевых, но не всегда публичных фигур ельцинской эпохи, что позволяет называть его своего рода «серым кардиналом» этого времени. С начала 1990-х годов он находился в самом эпицентре российской политики: возглавлял Комитет по законодательству в первом демократически избранном Верховном Совете РСФСР, участвовал в разработке и подписании Беловежских соглашений, которые юридически оформили распад СССР и создание СНГ. Именно Шахраю было поручено подготовить черновик Беловежского соглашения, где одной из главных задач было избежать югославского сценария кровавого распада.
В 1991–1996 годах он неоднократно занимал пост вице-премьера, курировал министерства и вопросы национальной политики, а также был государственным советником по правовой политике при Борисе Ельцине. Шахрай сыграл решающую роль в разработке президентского проекта Конституции РФ 1993 года, где заложил модель сверхпрезидентской власти и баланс между центром и регионами. В этот период он активно использовал институты указного права, референдума и Конституционного суда как инструменты реализации политической стратегии Ельцина.
Шахрай был не только архитектором юридических реформ, но и «куратором» сложнейших переговоров с бывшими союзными республиками по вопросам статуса российских войск и Черноморского флота. В критические моменты, такие как октябрьский кризис 1993 года, он оставался в тени, но его влияние на принятие решений и формирование новых правил игры было значительным. В научной и политической литературе его деятельность часто характеризуют как пример «закулисного» управления — он не был публичным лидером, но определял стратегические направления реформ и баланс интересов элит.
Шахрай также возглавлял Министерство по делам национальностей и региональной политике, участвовал в урегулировании конфликтов на Северном Кавказе и координировал работу силовых ведомств в условиях чрезвычайного положения. Его политический стиль отличался гибкостью и способностью договариваться с разными группами влияния, что делало его незаменимым посредником между Кремлём и региональными элитами.
В 1993–1995 годах Шахрай был депутатом Государственной думы и лидером Партии российского единства и согласия, что позволило ему влиять на формирование новой политической системы. По свидетельству современников, именно он настаивал на предоставлении президенту чрезвычайных полномочий в переходный период, что определило характер российской власти на десятилетия вперёд. Его вклад в юридическую и политическую архитектуру современной России отмечен как в мемуарах, так и в научных исследованиях.