Зимой 1941/42 г. экипаж лодки на два месяца раньше срока закончил своими силами ремонт механизмов и подготовился к новым походам. В августе 1942 г. «Л-3» вышла в очередной боевой поход в южную часть Балтийского моря. Находясь в море в течение 31 суток, подводная лодка успешно поставила мины и торпедными залпами уничтожила 3 транспорта общим водоизмещением 26 000 т, танкер и миноносец типа «Фольке». В январе 1943 г. В. К. Коновалов был назначен командиром «Л-3». В марте подводной лодке присвоено звание гвардейской. Осенью 1944 г. она в числе первых вышла в южную часть Балтийского моря. В кампанию 1944/45 г. совершила 3 боевых похода в Померанскую бухту. В эту кампанию подводная лодка потопила 5 транспортов общим водоизмещением 36 ООО т, эскадренный миноносец и сторожевой корабль врага. На подходах к базам противника было выставлено 50 мин заграждения.
/Герои Советского Союза Военно-Морского флота. Биографический справочник. – Москва: Воениздат, 1977, с.243/.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 8 июля 1945 года гвардии капитану 3 ранга В.К. Коновалову присвоено звание Герой Советского Союза.