Нераскрытые тайны встречаются и в хрониках династии Романовых. Например, известна гипотеза о существовании у царя Алексея Тишайшего (1629–1676 годы, правил с 1645 года) сына Михаила от первого брака с Марией Ильиничной Милославской.
Согласно официальной концепции отечественной истории, царь Алексей Михайлович 16 января 1648 года венчался с Марией Ильиничной Милославской (умер в 1669 году). В этом браке у него родились 13 детей - восемь дочерей и пятеро сыновей. Девочки в основном росли крепкими и здоровыми, мальчикам повезло меньше, поскольку своих родителей пережили только будущие цари Иван и Федор.
Через два года после смерти Марии Милославской (1669 г.) царь женился на Наталье Кирилловне Нарышкиной, которая родила ему троих детей: Петра (последний царь всея Руси и первый император Всероссийский Петр I), а также Наталью и Феодору.
В последние годы правления Алексея Михайловича при дворе противостояли друг другу партии родственников двух жен царя – Милославских и Нарышкиных. Последние возвысились после второго брака царя Алексея в 1671 году и победили в борьбе за власть. И вполне возможно, что они могли в своих интересах переписать официальную историю. Например, сейчас нельзя точно сказать, когда произошло официальное венчание царя Алексея Михайловича и Марии Ильиничны. В серии исторических очерков «Российские самодержцы» русского историка Преснякова утверждается, что свадьба состоялась не в 1648 году, а в 1645 году. В таком случае есть вероятность, что первого ребенка царица родила в 1646 году.
Косвенные сведения о существовании у царя Алексея Михайловича сына-первенца Михаила, названного в честь своего деда, можно почерпнуть из старообрядческих источников (в частности, из переписки протопопа Аввакума с «царевичем Михаилом Алексеевичем», которую он тайно передал старцам-старообрядцам незадолго до своего сожжения в Пустозерске). Кроме того, о Михаиле упоминается и в сочинениях Сильвестра Медведева, книгохранителя Московского печатного двора, казненного в 1691 году.
Какой же могла быть дальнейшая судьба царевича Михаила? Скорее всего, трагической. После второго брака своего отца с Натальей Кирилловной Нарышкиной царевич Михаил, который был сторонником старообрядчества, в 1673 году тайно покинул столицу и ушел в Соловецкий монастырь. Вероятно, именно поэтому впоследствии (1676) царские стрельцы отказались штурмовать монастырь, а воевода Иевлев просил царя отстранить его от командования царскими войсками.
Затем Михаил, по старообрядческой легенде, ушел в лесную глушь близ озера Светлояр (недалеко от Нижнего Новгорода). Там его от преследования властей укрыли единоверцы.
Тем временем царь Алексей Михайлович, разгневанный своеволием старшего сына, лишил его прав на престол и передал их следующему по старшинству выжившему сыну Федору. 1 сентября 1674 года 13-летний Федор был официально объявлен на Красной площади наследником престола. Имя царевича Михаила было предано забвению.
Старообрядческая легенда рассказывает следующие подробности трагической гибели царевича Михаила. До 1707 года царь Петр I мирился с существованием своего сводного брата, обладавшего правами на престол. Возможно, прислушиваясь к мнению своей сводной сестры царевны Марфы Алексеевны. Однако вскоре после смерти Марфы в монастыре, Петр I вознамерился окончательно разбить партию Милославских. На поиски опального царевича был послан воинский отряд во главе с игуменом Никольского монастыря в Переяславле-Залесском Питиримом, который в детстве жил в среде старообрядцев.
Чтобы уберечь своих единоверцев от репрессий правительственных войск, царевич Михаил Алексеевич принял решение покончить жизнь самосожжением вместе со своими тремя старшими сыновьями. Произошло это, по словам русского писателя Мельникова-Печерского, изучавшего историю старообрядчества, 4 февраля 1708 года в старообрядческом скиту, расположенном в Поломском лесу, недалеко от озера Светлояр (ныне Нижегородская область).
Жена царевича Анастасия Урусова (племянница знаменитой боярыни Морозовой) и его три младших сына уцелели благодаря солдатам царских войск, которые, по старообрядческому преданию, дали царевичу клятву пощадить его жену и детей. Петру же они доложили о гибели царевича Михаила и всей его семьи у них на глазах.