23 июня 1941 года по предложению митрополита Алексия приходы Ленинграда начали сбор пожертвований на оборону города.
Митрополит поддержал желание верующих пожертвовать на эти цели имевшиеся в храмах сбережения, порой очень значительные. Приходской совет Князь-Владимирского собора предложил на свои средства открыть лазарет для раненых и больных воинов и 8 августа передал на его обустройство 710 тысяч из 714 тысяч имевшихся у общины рублей.
О средствах, собранных Ленинградской епархией для Красной армии, митрополит Алексий дважды телеграфировал Сталину. 17 мая 1943 года ответная телеграмма Верховного Главнокомандующего была опубликована в газете "Правда": "Прошу передать православному духовенству и верующим Ленинградской Епархии, собравшим кроме внесенных ранее 3 млн. 682 тыс. 143 рубля, дополнительно 1 млн. 769 тыс. 200 рублей на строительство танковой колонны им. Димитрия Донского, мой искренний привет и благодарность Красной Армии. И. Сталин".
11 октября 1943 года впервые за все годы советской власти священнослужителям ленинградской епархии была вручена медаль "За оборону Ленинграда".
