В начале 1941 г. назначен старшим инспектором-летчиком ВВС ЧФ и находился на этой должности до января 1943 г., затем был помощником командующего ВВС ЧФ по летной подготовке и воздушному бою. «Смелый и решительный в воздушном бою с противником...» — характеризует Н. А. Наумова командующий ВВС ЧФ. Активно и успешно сражался с немецко-фашистскими захватчиками под Севастополем, Новороссийском, Керчью, Анапой, Таманью. Не считаясь с превосходящими силами противника, смело вступал в бой, атаковал дерзко и решительно и всегда выходил победителем. 1 мая 1942 г. над Новороссийском блестяще провел бой и в стремительной атаке уничтожил самолет Ю-88. Это был седьмой сбитый им самолет врага.
/Герои Советского Союза Военно-Морского флота. Биографический справочник. – Москва: Воениздат, 1977, с.337/.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 14 июня 1942 года подполковнику Н.А. Наумову присвоено звание Героя Советского Союза.