Самый сильный император Восточной Римской империи (Византия) Юстиниан Великий скончался в ночь на 14 ноября 565 года. Новый император Юстин II, племянник усопшего императора, распорядился поместить тело Юстиниана на позолоченный катафалк. Жена Юстина, императрица София, накрыла его саваном с вышитыми на нем крупными картинами из жизни и правления покойного.
Тело Юстиниана было погребено 16 ноября 565 года в специально построенном крестообразном мавзолее пристроенном к храму Святых Апостолов.
За 7 веков в храме 12 апостолов было похоронено 20 византийских императоров, пять императорских супруг. Мавзолеи церкви были местом упокоения большинства византийских императоров и членов их семей на протяжении семи веков, начиная с Константина I (ум. в 337 г.) и заканчивая Константином VIII (ум. в 1028 г.). В 1204 году во время четвертого крестового похода Константинополь был взят крестоносцами и подвергся грабежу. Грабежам подверглись и храмы, в том числе и храм Святых Апостолов. За 600 лет после смерти Юстиниана его гробницу никто не осмелился вскрыть, но крестоносцы вскрыли ее в поисках сокровищ, когда они открыли гробницу, то ужаснулись, тело было практически нетленно. Они осквернили гробницу императора Юстиниана, разграбили ее, а останки выбросили, также были вскрыты все гробницы византийских императоров. С тела императора Ираклия украли золотую корону вместе с волосами. Венеция, которая спонсировала этот крестовый поход, забрала все сокровища Константинополя, в том числе и церковные реликвии. В 1261 году византийский император Михаил VIII Палеолог отвоевал Константинополь и занялся реконструкцией храма 12 апостолов, его сын Андроник довершил ремонт. В 1453 году храм становится патриаршим, но уже в 1461 году турки уничтожили православный храм 12 апостолов и построили на этом месте мусульманскую мечеть Фатих.
Хотя саркофаги императоров были разграблены крестоносцами во время Четвёртого крестового похода в 1204 году, некоторые из самых старых порфировых (красных) саркофагов сохранились их вынесли когда турки сносили храм,хотя они пролежали заброшенными в разных частях Стамбула. они нашли законные места: два в атриуме церкви святой Ирины (один с крышкой императрицы Элии Евдоксии , другой без крышки неизвестный).
Пять находятся за пределами Археологического музея.
Саркофаг Юстиниана Великого на наших времен не сохранился, предположительно он был уничтожен в 1204 году.