Дельфинотерапия, по утверждениям тренеров и психотерапевтов, не имеет побочных эффектов — случаев, при которых состояние ребёнка после сеансов ухудшалось, не зафиксировано. Однако, поскольку этот метод коррекции не относится к доказательной медицине, однозначно прогнозировать его эффективность, невозможно. Насколько положительно скажутся занятия на здоровье ребёнка, зависит в первую очередь от того, удалось ли установить контакт «человек — дельфин». Если по каким-то причинам животное не проявляет интереса к малышу и само не инициирует общение, а ребёнок боится его или просто никак не реагирует, терапия будет бесполезной. На оценку эффективности дельфинотерапии влияют и ожидания родителей. Часто они не совпадают с тем, что в принципе может дать реабилитация. Для деток с тяжелыми диагнозами или особенностями развития полное излечение просто невозможно, а тот прогресс, который дают сеансы, родителями воспринимается как недостаточный. Поэтому очень важно, чтобы лечащий врач еще до курса те