Для сои подходят практически все типы почв, кроме солончаков, сильно кислых и щелочных. На плодородных типах почв (чернозёмах) соя слабо или почти совсем не реагирует на внесение макроудобрений (азотных, фосфорных и калийных). Это связано со способностью сои обеспечивать себя азотом из воздуха за счёт симбиоза с клубеньковыми бактериями и использовать труднодоступные для других растений формы фосфора и калия из почвенных соединений, в том числе из остаточных количеств удобрений, вносимых под сопутствующие культуры севооборота.
На малоплодородных почвах, при низком содержании фосфора, может потребоваться дополнительное внесение фосфорных удобрений. Наиболее эффективный способ – при посеве локально-ленточно туковысевающими аппаратами сеялки нормой Р20-30, заделывая удобрение глубже размещения семян не менее чем на 3–5 см (а лучше на 7–10 см). Калийные удобрения следует вносить только под вспашку.
Азотные удобрения под сою вносить не целесообразно и, зачастую, даже вредно. Бобовые растения в симбиозе с клубеньковыми бактериями – ризобиями – поглощают атмосферный азот, благодаря чему соя обеспечивает свои потребности в азоте и при этом пополняет почвенные запасы этого элемента для последующих культур. Чтобы сформировался эффективный симбиотический аппарат, необходима обработка семян инокулянтами, содержащими активные штаммы ризобий.