В результате создания Рыбинской ГЭС и водохранилища было затоплено 4550 км². Под водой оказались город Молога, 700 сёл и деревень, три монастыря, более 40 церквей, а также бывшие дворянские усадьбы и заповедные природные территории. Молога — это не просто важный элемент истории Ярославской области, но и значимое явление в истории всей России. Город Молога можно назвать столицей Русской Атлантиды — городом-призраком, исчезнувшим более шести десятилетий назад.
В период подготовки к затоплению Мологи и перед переселением жителей возникло множество мифов. Среди них — рассказ о 294 людях, которые не смогли принять утрату своего города и ушли из жизни вместе с ним. Говорят, что некоторые привязывались цепями к своим домам. В официальных документах власти сочли их психически неуравновешенными. По другой версии, в отношении жителей были применены методы НКВД, и те, кто не согласился покидать город, просто не выжили. Однако те, кто помнит события тех лет, утверждают, что добровольных утопленников не было — все жители Мологи переехали до затопления, хотя и под давлением властей.
Музей Русской Атлантиды в Рыбинске был открыт 14 апреля 2021 года, дата открытия приурочена к историческому событию — началу заполнения Рыбинского водохранилища, 14 апреля 1941 года, которое поглотило город Молога.
В экспозиции музея представлен макет затопленного города. Он выполнен в масштабе 1:100 и отражает фотографии, чертежи и воспоминания мологжан. Размер макета — 3,5 на 13 метров. Детально воссозданы 400 зданий, а также рельеф местности и план застройки города. Работали над макетом 25 художников в течение двух лет.
В музее также используются световые и звуковые эффекты, включая звон колоколов. На выставке также можно увидеть архивные снимки и услышать истории мологжан.
Кроме макета в пространстве выставлены картины и фотографии Мологи, демонстрируется фильм о затопленном городе