На протяжении 13-16 вв. Москва интенсивно собирала русские земли под своей властью: Можайск, Углич, Белоозеро, Галич, Нижний Новгород. Великий князь московский Иван III Васильевич (1462 - 1505) был правителем, совершившим несколько крупных присоединений к «Третьему Риму». При нем Москве подчинились Псков, Ярославские земли, княжество Ростовское… Но самой известной по сей день является кампания 1477-1478 гг. - третья Московско-Новгородская война, по результатам которой москвичи наконец покорили Новгородскую республику. Причиной конфликта стал отказ ряда новгородских бояр и их сторонников признавать Ивана III своим «государем». В результате они проиграли, и 13 января 1478 г. все новгородцы объявили о том, что они стали подданными великого князя московского.
Чтобы избежать новых вспышек сопротивления и добиться максимальной лояльности, Иван III решил удалить из Новгорода тех бояр, кто особенно сильно пострадал от утраты своей власти и имущества и потому ненавидел власть Москвы (более 30 человек). Некоторых боях лишили земельных владений и вместе с семьями вывезли в Москву и оставили там жить. Заодно увезли и новгородский вечевой колокол - не просто способ созвать народ на очередное собрание, но символ республики и свободы. Колокол повесили на одной из московских колоколен. К тому же, Иван ограбил Новгород, и в Москву вернулся с богатыми трофеями - серебром, золотом, драгоценными камнями, мехами и шелками. 18 января 1478 г. в летописи описан словами: «По той бо день веча не бысть в Новгороде». Республики не стало. А место новгородских князей, посадников и тысяцких заняли многочисленные московские наместники, дворецкие и дьяки.
Исследователь М.М. Бенцианов указывает, что переселяли опальных новгородцев не только в Москву, но и в разные центральные уезды страны. Их земли заполнили безземельные московские служилые люди (по подсчетам историка Г.В. Абрамовича, более 1300 человек). Среди депортированных из Новгорода была и Марфа Борецкая и один из ее внуков, Василий Федорович Исаков. Марфа была в числе лидеров оппозиции Москве, готовых скорее поладить с Литвой, чем с Иваном III. Марфа-посадница лишилась в 1478 г. всего имущества. Ее и внука арестовали по приказу Ивана и перевезли в Москву. Судьбы репрессированных новгородцев были различны, и великий князь селил их в разные места, не все пути конкретных людей нам известны. История Марфы Борецкой сложилась довольно трагически. Считается, что ее с внуком отправили в Нижний Новгород и постригли в Зачатьевском монастыре в монахиню под именем Марии. Там она и прожила до своей кончины в 1503 г. Существует и еще одна версия, еще менее жизнерадостная - что на самом деле Марфу казнили еще по дороге в Москву. Впрочем, эта версия менее правдоподобна.
Репрессии, однако, продолжились и в 1480-е гг. Простой городской люд Новгорода не тронули, но знать снова пострадала. Так, Иван арестовал боярина Ивана Савелкова, заподозренного в пролитовской позиции. В конце 1480-х гг. из Новгорода в другие русские земли было выселено еще 1054 бояр и посадских (всего с членами их семей - около 7 тыс. человек), выселили и «золотых поясов» - знатнейших новгородцев, а также 500-600 купцов. Их селили в города, в каждый небольшое количество людей, чтобы разделить и «растворить» среди местных - во Владимир, Ростов, Муром, Кострому и др. На новых местах они, как правило, становились рядовыми служилыми людьми.
Все эти меры лишь отчасти лишили проблему мятежного характера Новгорода. Горожане еще век отлично помнили о временах республики и все время оставались ненадежными подданными Москвы.