В начале XV века боровский князь Симеон Владимирович основал монастырь
Именно здесь начинал свой путь Пафнутий. В 1610 г. во время польско-шведской интервенции обитель сожгли. Через несколько лет его решено было возродить. Была построена новая деревянная церковь Покрова Пресвятой Богородицы с трапезной и колокольней, кельями, где жили монахи, приходившие из Пафнутьев-Боровского монастыря. Оттуда же привозили иконы и предметы церковной утвари. Есть версия, что некоторые средники принадлежали кисти Дионисия, либо его ученикам. Возле алтарной части храма выстроили деревянную часовню на месте захоронения родителей преподобного Пафнутия. В середине XIX в. вместо деревянной появилась каменная.Во время оккупации города войсками НАПОЛЕОНА в 1812 году храму посчастливилось уцелеть. Сохранился он и после 1917 года, и в период гитлеровской оккупации в конце 1941 г.
После войны многие культовые сооружения были приспособлены под различные хозяйственные нужды. Не избежал этой участи и Покровский храм. В 1950 г. здесь организовали зернохранилище. Всё церковное имущество сначала было закрыто в алтаре, а затем вывезено в областные музеи. В частности, сегодня несколько икон XVII в. находятся в Калужском художественном музее.Первые шаги по сохранению и дальнейшему восстановлению уникального сооружения были предприняты в конце 1980-х по инициативе бывшего мэра Боровска Владимира КАНУННИКОВА. А в 2008 г. начата реставрация здания. Старые сгнившие деревянные конструкции заменены на новые. Храму возвращён первоначальный вид с воссозданием утраченных галерей. После завершения реставрации церковь вновь стала действующей.Но задолго до этого здесь уже были службы, правда, не настоящие, а киношные. В августе 1996 года во время съёмок кинотрилогии «Любить по-русски» режиссёр Евгений МАТВЕЕВ выбрал эту обитель для нескольких сцен богослужения.
Храм Покрова - уникальный памятник деревянного зодчества, таких единицы не только в Калужской области, но и во всей Центральной России.