В 1640 г. Португалия обрела независимость от Испании. Теперь ей не приходилось платить разорительные налоги и участвовать в войнах, которые не несли никакой выгоды. Однако восстановить былой достаток Португалия уже не могла. Она потеряла большинство колоний, её сельское хозяйство и промышленность не развивались, внешняя торговля почти прекратилась.
После обретения независимости Португалия установила дипломатические отношения с Англией и Францией. Дольше всех её не признавала Голландия, потому что отобрала у Португалии большую часть колоний.Некоторые заморские территории удалось вернуть: Бразилию, Анголу, Мозамбик. Колонии в Восточном полушарии были утрачены навсегда. Зато в Бразилии в XVIII в. были найдены месторождения золота и алмазов. Тысячи португальцев устремились на разработку приисков. Португалии хватило оставшихся колоний, чтобы обеспечить себя стабильным доходом. У этой медали была и обратная сторона: не было необходимости развивать в стране промышленность, переводить экономику с феодального уклада на капиталистический. Наиболее развитыми отраслями были кораблестроение, виноделие, маслоделие.
Португалия недолго оставалась независимой: уже в 1654 г. Англия, во главе правительства которой стоял О. Кромвель, под угрозой нападения заставила её подписать договор о предоставлении торговых преимуществ в самой Португалии и всех её колониях. Когда Англия воевала за Испанское наследство, Португалия была вынуждена выступить на её стороне, в результате чего потеряла в африканский порт Сеуту. В 1703 г. Англия навязала Португалии Метуэнский договор, по которому стал возможен беспошлинный ввоз английского сукна и других шерстяных изделий на территорию Португалии. В обмен она получила снижение английских пошлин на ввоз вина. Виноградники были только у крупных землевладельцев, которые стали увеличивать их площадь за счёт зерновых полей и оливковых рощ. Крестьяне лишились своих земельных наделов, многие эмигрировали в колонии.
Как и в Испании в XVIII в., в Португалии были сильны позиции церкви. Образование и печать контролировали иезуиты. Население выплачивало на содержание церкви десятину и другие налоги. Огромные платежи ежегодно отправлялись папе римскому. Во второй половине XVIII в. дворянство осознало необходимость перемен —разумеется, в духе просвещённого абсолютизма. Эти настроения выразил министр иностранных дел Себастьян Хосе Карвальо маркиз де Помбал, обладавший чрезвычайно широкими для своей должности полномочиями. Он боролся с засильем иезуитов и добился их изгнания из страны в 1759 г., конфисковал их имущество. Он сократил число монастырей, уменьшил налоги на церковь, способствовал становлению светского образования.
Изменилась программа преподавания Лиссабонского университета: были введены естественные науки. Помбал стремился уничтожить майорат — порядок наследования, при котором всё имущество переходит к старшему в роду. Он содействовал развитию текстильных мануфактур, предоставлял их владельцам субсидии. Маркиз добился введения высоких пошлин на импортные товары и запрета на экспорт сырья. Помбал приглашал в Португалию иностранных мастеров, запрещал расширять площади виноградников за счёт пахотных земель и пастбищ.
Помбал провёл судебную реформу — унифицировал систему наказаний, что способствовало модернизации армии и флота. Однако после смерти короля Жозе Эммануэля I, который покровительствовал маркизу, произошёл государственный переворот. Помбала отстранили от должности и сослали, его реформы были отменены.
В XVIII в. Испания и Португалия оставались колониальными державами. Однако выкачивание доходов из колоний тормозило развитие промышленности и торговли, переход экономики с феодального уклада на капиталистический. В обеих странах нашлись государственные деятели, которые заметили это и попытались провести реформы в направлении просвещённого абсолютизма: отделить церковь от государства, способствовать формированию буржуазии, развивать образование. Но этих попыток оказалось недостаточно.