Во Второй лиге в 1996 году снова команды соревновались в трех зонах. В Восточной боролись за одну путевку в Первую лигу и не вылетали в Третью лигу. В Западной и Центральной команды, как и годом ранее, шла борьба за две путевки в каждой в Первую лигу. Вылет в Третью в Западной и Центральной зонах изначально грозил 3 худшим, но по ходу чемпионата все могло измениться, такое было время. Находились команды, которые, как и ранее, отправлялись в Третью лигу ввиду экономических трудностей, проще говоря, по собственной инициативе.
Зона «Запад»
Турнир стартовал матчем 2-го тура Анжи – Ангушт, а 6 апреля были сыграны все матчи 1-го.
Во всех матчах апреля Анжи только выигрывал. Металлург, Торпедо Таганрог и Локомотив одержали по 5 побед, завершив по одной игре ничейным результатом. Таким образом и получилась за месяц группа лидеров.
К середине мая больших изменений в таблице не произошло, если не считать попадание в верхнюю часть таблице ФК Волгодонск.
В конце мая Анжи сначала сыграл вничью в Кисловодске, впервые потеряв очки, а затем потерпел поражение от Автодора.
К концу июня ситуация в таблице уже была настолько ясна, что чемпионат можно было бы и заканчивать. Анжи и Металлург были значительно сильнее всех остальных.
Аутсайдеры тоже уже обозначились. Но сначала произошли уходы команд. После 19-го тура снялся Колос, а после 20-го был исключен Иристон, за подкуп игроков Динамо СПб в матче, который прошел 27 мая. Матчи обеих команд были аннулированы.
Таким образом, по итогам первого круга разрыв в очках между второй и третьей командами составил 11 очков.
Второй круг Анжи начал поражением в Назрани, а следующий тур пропускал. Поэтому сложилась на некоторое время в таблице ситуация, когда показалось, что интрига возвращается.
В августе Анжи постоянно опережал преследователей на 4-5 очков, имея игру в запасе. Когда матчей еще много впереди, то можно считать, что борьба продолжается.
Но уже к середине сентября махачкалинцы вдвое увеличили отрыв.
И все же Анжи в третьей декаде сентября проиграл два матча подряд. За семь туров до финиша разница в очках между ним и Торпедо сократилась до 4 очков. Когда так быстро улетучивается большая часть преимущества, возможно все.
Липчане задолго до финиша гарантировали себе попадание в Первую лигу и спокойно созерцали на борьбу за второе место.
Анжи 24 октября получил 3 очка без игры с пятигорской Энергией и стал недосягаем для Торпедо.
С команды Олимп Кисловодск было снято 6 очков за несвоевременную оплату трансфера дозаявленного футболиста.
Зона «Центр»
Матчи первого тура прошли 6 апреля.
С трех побед начал турнир ЦСК ВВС Кристалл. Но уже в следующем туре смоляне пропустили вперед себя в таблице Амкар и Арсенал. А потом и эти две команды сумел обойти Дон Новомосковск.
К середине мая среди лидеров появились Лада Димитровград и Рубин Казань.
В конце мая, т.е. в середине первого круга, никаких разрывов в очках в верхней части таблицы не наблюдалось, группу лидеров ограничить еще было нереально.
Даже в середине июня уже можно было выделить три команды, которые чуть вырвались вперед. Но все же у двух их ближайших преследователей на тот момент был матч в запасе, поэтому говорить о тройке лидеров можно было еще преждевременно.
К концу июня могло быть ощущение, что за путевки в Первую лигу во втором круге будут бороться четыре команды. Но концовка первого круга наложила свой отпечаток на ход турнира. В серьезном отрыве оказалась Лада. Судьба второй путевки должна была решиться в споре 6-8 команд.
Во второй половине июля и августе количество претендентов на второе место уменьшилось, но не значительно.
К середине сентября из группы лидеров выбыл казанский Рубин.
В начале октября такая же участь постигла Дон. Оставалось еще 6 туров до финиша. Команды из Смоленска, Тулы, Рязани и Перми еще с надеждой смотрели в будущее.
Тульский Арсенал в 39-м туре проиграл в Саратове и практически лишился шансов на повышение.
За четыре тура до финиша гонка за вторую путевка привела к тому, что не так далеко оказалась и Лада. Но все же лидер турнира опережал третью команду на 5 очков и не должен был спуститься хотя бы ниже второго места. У ЦСК ВВС было 86 очков, Спартака Рязань – 84, Арсенала и Амкара – по 83, но тулякам оставалось провести 3 матча.
21 октября Спартак Рязань в гостях проиграл Зениту и пропустил вперед победивших своих соперников Амкар и Арсенал. Лада и ЦСК ВВС также одержали победы.
24 октября в 42-м туре Амкар победил Спартак Рязань, а Арсенал – Ладу. Смоляне крупно победили в Миассе.
В предпоследнем туре Арсенал отдыхал. Тройка лидеров победила и теперь все решалось в последнем туре.
Матч в Смоленске между ЦСК ВВС Кристалл и Амкаром завершился нулевой ничьей. Это предопределило полный расклад в таблице. Лада набрала 3 очка в матче со Спартаком из Щелково и оставила за собой первую строчку таблицы.
Зона «Восток»
Команды вступили в борьбу 6 мая.
К концу мая стало ясно, что борьбу за первое место поведут между собой Иртыш и Томь. Омичи очков в первом месяце не теряли, а томичи однажды свой матч закончили ничьей, победив во всех остальных.
В начале июня лидеры по одному матчу проиграли, позволив сразу многим приблизиться, но не к первой строке, а ко второй.
Во второй половине июня командам из Новокузнецка и Назарово все же в некоторой степени удалось навязать борьбу лидерам.
В концовке первого круга ситуация в таблице не изменилась.
Все в том же порядке команды верхней части таблицы продолжили шествие и в первой половине второго круга.
В конце августа Томь обошла Иртыш, а хабаровский СКА – Металлург-Запсиб.
Но в начале сентября Иртыш победила в двух матчах своих соперников, а Томь не смогла набрать даже одно очко.
8 сентября в Омске Иртыш победил с крупным счетом именно своего главного конкурента.
К концу сентября разрыв в очках между Иртышом и Томью уменьшился до 3 очков, поэтому в последних турах еще возможно было все.
3 октября Томь дома победила Амур, а Иртыш поделил очки в Назарово. Теперь только одно очко разделяло лидеров. Оставалось 3 тура.
6 октября омская команда победила в Новокузнецке, а томичи не смогли дома взять 3 очка в матче с армейцами Хабаровска.
В двух последних турах Иртыш дома играл с командами из нижней части таблицы, поэтому упустить преимущество в 3 очка не имел никакого права. Победы 4:1, а затем 1:0 привели к Иртыш к победе в турнире и завоеванию путевки в Первую лигу.