Во время Великой Отечественной войны особое место в организации психиатрической помощи в стране занимала Москва, обладавшая большим числом специализированных лечебных учреждений и высококвалифицированных специалистов. Под руководством главного психиатра Москвы – главного врача Московской психиатрической больницы № 1 (сейчас – филиал Психиатрической клинической больницы имени П. Б. Ганнушкина) М. А. Джагарова был разработан чёткий план работы психиатрической службы в военное время.
Одно из ключевых мест в нём занимала Психиатрическая клиническая больница имени П. Б. Ганнушкина, где уже в 1941 году развёртываются отделения санитарной военной экспертизы и амбулаторная военная комиссия, ставшие на годы войны высшей инстанцией во всех сложных случаях военно-психиатрической экспертизы, возникавших в районных военкоматах столицы и частях Московского гарнизона. Врачи больницы привлекались Министерством здравоохранения РСФСР для оказания организационной и методической помощи в восстановлении психиатрической сети в освобождённых от оккупации районах страны.
С 1943 года на базе лечебных отделений больницы возобновляется активная работа клиники экспериментальной терапии психозов под руководством профессора М. Я. Серейского, клиники экзогенно-органических психозов, возглавляемой профессором И. Г. Равкиным; проводятся исследования, касавшиеся анализа синдрома глухонемоты при воздушных контузиях. Начинает работу клиника реактивных психозов под руководством профессора С. Г. Жислина и отделение для восстановления трудоспособности инвалидов войны с психическими нарушениями под руководством Т. А. Гейера.
В 1944 году создаётся специальное нейрохирургическое отделение для бойцов с черепно-мозговыми травмами и внечерепными ранениями, сопровождающимися психическими расстройствами, под руководством С. И. Гольденберг (в сентябре 1945 года оно было преобразовано в психохирургическое отделение для больных, нуждающихся в применении хирургических методов лечения психических заболеваний). На базе этого отделения работу ведёт нейропсихиатрическая клиника Центрального института психиатрии под руководством А. С. Шмарь-яна. На базе больницы также начинают функционировать психиатрическая клиника Медицинского института Минздрава РСФСР под руководством Т. И. Юдина и клиника Института психиатрии Минздрава СССР под руководством Е. Н. Каменевой.
Самоотверженный труд сотрудников больницы на фронте и в тылу был высоко оценён правительством: более 50 сотрудников больницы были награждены орденами и медалями, 39 человек были отмечены медалями «За доблестный труд в Великой Отечественной войне» и очень многие – медалью «За оборону Москвы».