Так и не договорившись дипломатическим путём о разделе территории с гуронами, ирокезы начали затяжную войну с ними, продолжавшуюся до 1649 года, когда гуроны были разгромлены и вынуждены были бежать на запад. Аналогичным образом покинули свои земли племена: фоксы, шауни, сауки, майами, могикане и многие другие, часть их пополнила ряды французских союзников. В 1656-м были разбиты эри (война продолжалась три с лишним года и остатки племени эри были поглощены ирокезами и они больше никогда не могли больше выступать в качестве независимого племенного образования). До 1675-го сопротивлялась конфедерация саскуеханнок на юго-востоке от Лиги — ирокезоязычные племена, нередко до этого выступавшие на стороне ирокезов в конфликтах с другими индейцами. В 1651-м начала войну коалиция, вооружённая французами, в которую входили абенаки, могикане, сококи и другие, однако, даже вынужденные воевать на несколько фронтов, ирокезы в скором времени коалицию разбили.
Несмотря на успехи ирокезов и нарушение французской торговли пушниной в связи с уходом гуронов, французы продолжали ориентироваться на традиционных партнёров (к которым добавились ещё некоторые индейские племена, подвергшиеся нападению ирокезов), не завязывая официальных торговых отношений с ирокезами.
После 1653 года, оценив бесперспективность попыток лишить французов традиционных поставщиков пушнины - монтанье, оттава, кри и др., против которых было предпринято несколько военных походов, ирокезы решили начать мирные переговоры. Весной 1654-го состоялись переговоры с участием вождя-метиса Канакеса, привёзшего поручительные письма от голландцев. Однако сложные переговоры, длившиеся более года, к решению проблем, стоявших перед конфедерацией ирокезов, не привели.
В 1665 году французами была организована экспедиция против ирокезов, ознаменовавшая собой поворотный этап в Бобровых войнах, теперь походы французов в земли ирокезов стали совершаться регулярно. В 1667-м ирокезы были вынуждены заключить мирный договор, распространявшийся и на союзные племена. В результате 13-летней передышки французская торговля пушниной начала восстанавливаться, возобновились промысловые и миссионерские поездки на Великие озёра, были организованы миссии в Мичигане, положение французов упрочилось, была создана континентальная милиция. Однако тогда же произошло снижение стоимости пушнины, что вызвало недовольство французских союзников, чем в свою очередь не преминули воспользоваться ирокезы, переманивая их для торговли с англичанами через свою территорию, транзит через которую в это время стал безопасным. Это в итоге привело к снижению торгового оборота рынков в Квебеке. В то же время (1677 год) была создана Договорная цепь из побеждённых народов, что упрочило положение ирокезов в регионе. В то же время и ирокезы тоже несли убытки, возможность расширения охотничьих угодий была ограничена договорами, что их сильно обременяло. Такое положение дел было невыгодно обеим сторонам, и возобновление войны не заставило себя ждать.
Подчинив в 1675 году саскуеханнок, ирокезы начали полномасштабное наступление на западном направлении. Под удары попала конфедерация иллиной, с территории которой бежали также и находившиеся там французы. На некоторое время, боясь расправы, союз вынуждены были покинуть даже индейцы-оттава, что не могло не сказаться на торговле пушниной. Открытый вооружённый конфликт возобновился. Французы стали перевооружать созданную незадолго до этого милицию, укрепляли форты. Однако удача поначалу сопутствовала ирокезам, которые остановились лишь в 1684 году, когда провалилась их попытка взять форт Сент-Луис. В том же году французы воссоздали альянс, в который вошли оджибва, оттава, фоксы, сауки, гуроны, майами, иллиной, бежавшие в своё время от ирокезов. Первые действия альянса были тем не менее неудачными, однако со временем альянс и французы стали теснить ирокезов, и уже к 1696 году те оказались загнаны в пределы своих исконных владений, за исключением части Пенсильвании и восточного Огайо. Шедшая параллельно война между Англией и Францией завершилась в 1697 году, но столкновения между союзниками французов, колонистами и ирокезами продолжались до 1701 года.
По миру, заключённому в 1701 году в Монреале между ирокезами и французами с альянсом (всего участвовало 39 индейских вождей) и сыгравшему очень большую роль в истории Северной Америки, конфедерации ирокезов запрещалось участвовать в конфликтах между Англией и Францией, а конфликты между ирокезами и алгонкинами должны были разрешаться при посредничестве французов, части племён разрешалось вернуться на отвоёванные земли, хотя значительная часть по-прежнему осталась сконцентрирована в районе Висконсина.
Великие бобровые войны формально длились 61 год, боевые действия в это время не были постоянными. Конфликт то угасал, то утихал, с тяжелыми сражениями и периодами тихой конфронтации. Всего бобровые войны историки делят на пять периодов. Договор, положивший конец войнам, так же позволил наладить мирную и свободную торговлю между французами и ирокезами. Ирокезы обязались сохранять нейтралитет в случае будущей войны между Англией и Францией.