Место для захоронения в этом районе Москвы (район Марьиной рощи) было устроено в 1750-м году по указу императрицы Елизаветы Петровны. Оно стало первым городским кладбищем. До этого в Москве были только приходские кладбища: при каждой церкви был свой небольшой погост, на котором хоронили местных жителей. Попытки прекратить захоронения в городской черте предпринимались ещё со времён Петра Первого, но безрезультатно. И вот при Елизавете «лёд тронулся». Хотя, надо сказать, окончательно приходские кладбища перестали функционировать только после жуткой эпидемии чумы 1770–1771 годов. Так вот, это первое городское кладбище было создано для непривилегированных сословий. Попросту говоря, для бедноты. Как и положено, при нем была выстроена небольшая деревянная кладбищенская церквушка, освященная во имя святого Лазаря Четверодневного. По названию церкви погост стали именовать Лазоревским.
Когда старая деревянная церковь обветшала, купец первой гильдии и Титулярный советник Лука Иванович Долгов взялся построить на её месте новый храм в камне. Было это в 1782-м году. Но в 1783-м храмоздатель неожиданно скончался. Тогда попечение о строительстве взяла на себя его вдова Сусанна Филипповна. Каменный трёхпрестольный храм (а ещё богадельню при нём) закончили в 1787-м. Главный престол храма был освящён в честь праздника Сошествия Святого Духа, а боковые приделы – во имя святого Лазаря (в память о старой церкви) и во имя святого апостола Луки (святого покровителя строителя храма – Луки Долгова). Строительными работами руководил архитектор Елизвой Семёнович Назаров. Этот зодчий является автором целого ряда шедевров архитектуры классицизма в Москве. Например, он построил церковь Иконы Божией Матери «Знамение» в Новоспасском монастыре и Странноприимный дом графа Шереметева (теперь это Институт Склифосовского) с домовой церковью Троицы Живоначальной. Однако, большинство исследователей склоняются к тому, что в этом случае автором проекта являлся не Назаров, а знаменитый Баженов. Он очень кстати был женат на дочери Долгова:) Ну и почерк великого зодчего явно прослеживается во многих архитектурных элементах постройки.
С 1914-го года в этом храме служил протоиерей Николай Алексеевич Скворцов. Это был весьма незаурядный человек. Он являлся профессором Московской духовной академии, председателем Церковно-археологического отдела Общества любителей духовного просвещения и автором множества трудов по истории Москвы и её памятников. Особо интересовали Скворцова исчезнувшие и упраздненные храмы. Летом 1917-го года Николай Алексеевич вместе со своей женой Евгенией Михайловной был убит грабителями в собственном доме. Целью убийц были деньги, которые Скворцов собирал для устройства детского приюта при храме.
В 1932-м году храм Сошествия Святого Духа на Лазаревском кладбище был закрыт. В здании разместили рабочее общежитие, а позже в него въехали мастерские Театра оперетты. Уникальные интерьеры храма были полностью утрачены. В 1934-м году уничтожили Лазаревское кладбище. На его месте был разбит детский парк «Фестивальный». Лишь в 1991-м году храм вернули верующим.