Племянник Тургенева, которой стал Героем Труда.
Некогда в Твери на месте современной гостиницы «Селигер» стояла Владимирская церковь. В её метрической книге в 1865 году была сделана запись под номером 21: «Апреля 17 родился, 18 крещён Эммануил, родители его: Рижский гражданин Эдуард Иванов Крюгер, лютеранского исповедания, жена Елизавета Петрова, православного исповедания…».
В девичестве мать Эммануила Крюгера носила фамилию Тургенева. Она была двоюродной сестрой автора «Записок охотника». Так что новорождённый стал племянником одного из самых известных в то время в России писателей. Однако по стопам своего дяди он не пошёл – как выяснилось, его влекла не литература, а музыка.
Эммануилу Крюгеру предстояло стать профессором класса скрипки Петербургской консерватории, кавалером орденов святого Станислава и святой Анны, солистом императорских театров, концертмейстером оркестра Мариинского театра, а затем заслуженным артистом и Героем Труда.
Когда Эммануилу Эдуардовичу исполнилось 12 лет, он поступил в Московскую консерваторию в класс профессора Ивана Гржимали, а затем, когда семья переехала в столицу, продолжил учиться в Петербургской консерватории. Уже в ту пору обозначился виртуозный талант Эммануила Крюгера. Он выступал с сольной программой, включавшей произведения Чайковского, Глазунова, Кюи, Грига, Сен-Санса.
«Это скрипач с превосходным большим тоном, лучшим в России, с выдающейся техникой», – писал известный скрипичный мастер Анатолий Леман.
Окончив консерваторию, Крюгер становится первым скрипачом-солистом оркестра, состоявшего в основном из выпускников Петербургской и Московской консерваторий. Это был первый симфонический оркестр в стране, музыканты которого получили высшее музыкальное образование в самой России.
С 1895 года Эммануил Эдуардович в Мариинском театре, где работает концертмейстером балетного оркестра. В 1899 году он был принят преподавателем класса скрипки в Петербургской консерватории, «за отлично-усердную службу» в которой пожалован орденами, а в 1908 году возведён в звание профессора. Немало времени Эммануил Крюгнр уделял работе с одарёнными детьми, основав музыкальную школу на Охтинских пороховых заводах.
Любители музыки конца XIX – начала ХХ веков вспоминают о сольных выступлениях Эммануила Крюгера. В течение 10 он давал концерты в Павловске. Этот город тесно связан с именем знаменитого австрийского композитора и скрипача Иоганна Штрауса, дирижировавшего там. Каждое лето Эммануил Крюгер знакомил слушателей с классической и современной музыкой. Его концерты привлекали внимание таких газет, как «Новости», «Санкт-Петербургский листок», «Сын Отечества», «Санкт-Петербургские ведомости», «Новое время».
«11 июля в Павловске солистом вчерашнего симфонического концерта был г. Крюгер, по справедливости считающийся одним из „славных” в плеяде учеников г. Ауэра. С присущими всем питомцам этого профессора выдержкою, спокойствием, закруглённостью в игре и благородством тона г. Крюгер исполнил Восьмой концерт Шпора и на многочисленные требования bis’ов сыграл несколько вещей. Г. Крюгер имел большой успех и воочию доказал, что приглашение из заграницы каких-то неведомых и бесталанных скрипачей представляется ничем не оправдываемым недоразумением».
Эммануил Крюгер воспитал многочисленных учеников, передавая традиции своей школы следующим поколениям. Продолжателем дела отца стал младший сын Борис, всю жизнь работавший в детских музыкальных школах и училищах Ленинграда. Старший сын профессора Крюгера Владимир стал актёром, заслуженным артистом республики, работал в Академическом театре драмы имени Пушкина.
Когда в 1920 году учредили звание заслуженного артиста РСФСР, Эммануил Крюгер был одним из первых, кто получил его. Через семь лет ему также первому в стране присвоили звание Героя Труда. Правда, далеко не всегда дела в советской России складывались для него безоблачно.
В 1928 году новая администрация Ленинградской консерватории попыталась отправить Крюгера на пенсию. Но тут своё слово сказали студенты. Учащиеся единогласно подписали заявление, в котором говорилось, что «…они решительно возражают против отстранения профессора Крюгера от той плодотворной работы, которой он отдал двадцать восемь лет своей жизни, которой и поныне отдаёт все свои силы, что всякие попытки исключить нашего профессора из среды активных работников консерватории будут нами рассматриваться как незаслуженное оскорбление, нанесённое в равной степени как Э.Э. Крюгеру, так и нам, его ученикам».
Выдающийся скрипач и педагог скончался в 1938 году накануне своего 73-летия. Он похоронен на лютеранской части Волковского кладбища. Рядом, на православном Волковском кладбище покоится его родственник – Иван Тургенев.