Перед смертью измученному болезнями и безденежьем артисту пришлось продавать морковь и картофель, чтобы выжить.
Парадоксально, но роль, принесшая ему всенародную любовь, была для него тяжёлым бременем. Кононов не любил вспоминать о «Большой перемене» и откровенно признавался, что терпеть не мог своего персонажа. Он считал, что образ наивного учителя затмил его другие, более глубокие работы.
В 1990-х годах актёр практически перестал сниматься — ролей ему больше не предлагали. Звезде экрана пришлось даже продать квартиру в Москве: вместе с женой он переехал в деревню — выращивал картошку и даже сам продавал её. Прохожие и понятия не имели, что покупают овощи у того самого обаятельного учителя, который вытаскивал учащегося Ганжу из мужского туалета. Незадолго до смерти Кононов написал автобиографию, но увы — не смог найти издателя, а нищенская пенсия не позволяла ему оплатить публикацию.
К тому же в последние годы жизни актёр столкнулся с подлым предательством. Одна из его воспитанниц (ходили слухи, что она сумела охмурить пожилого артиста и даже увела его из семьи) попыталась обманом завладеть его квартирой. Имущество удалось отстоять, но эта ситуация стала для Кононова тяжёлым ударом.
В 2007 году Михаил Кононов, навсегда запомнившийся зрителям как обаятельный учитель Нестор Петрович из «Большой перемены», ушёл из жизни в полном одиночестве и бедности, забытый и зрителями, и коллегами. Он скончался в 67 лет от тромбоэмболии в московской больнице, не имея средств даже на лекарства. Сегодня, 25 апреля, ему могло бы исполниться 85.