Метафизика представляет собой самый абстрактный раздел философии, изучающий наиболее фундаментальные, т. н. «вечные» вопросы, связанные с реальностью. Среди этих фундаментальных вопросов в отдельный класс выделяются вопросы, связанные с бытием, и эта часть метафизики называется «онтология». К вопросам бытия в первую очередь относятся такие: «Что в действительности существует?», «Что означает существование?», «Что делает существование возможным?». Более прикладные вопросы бытия включают в себя: «Почему существует мир?», «Существует только один мир?», «Что такое пространство?», «Что такое время?» и др. Хотя понятия онтология и метафизика иногда используются как синонимы, существуют классы метафизических вопросов, которые не связаны с бытием напрямую. К таким проблемам относятся вопросы взаимоотношения между целым и частями, вопросы взаимосвязи между причинами и следствиями, вопросы, связанные сo свободой воли и др. Такие вопросы скорее относятся к метафизике, но обычно не к онтологии.
Нередко философская система строится вокруг определённого догмата, который она пытается рационализировать. Например, в рамках христианской философии, исламской философии предпринимались попытки доказать существование Бога. Раздел онтологии, который стремится таким образом рационализировать религию называется рациональной или естественной теологией. Аналогично, рациональной психологией называется часть онтологии, которая выстраивается вокруг убеждения в существовании души отдельно от материального мира. В более общем случае, рационализация любой космологии, называется «рациональной космологией».
Некоторые философские течения в XX веке поставили под сомнение необходимость занятия чистой метафизикой. Например, с точки зрения позитивистов, в особенности логических позитивистов, а также с точки зрения многих представителей естественных наук изучать имеет смысл лишь те вопросы, для которых выполняется критерий верификации. Большинство «вечных вопросов» такому критерию не удовлетворяет, и, следовательно, в чистом виде их рассмотрение бессмысленно. С другой стороны, постструктуралисты, имеющие прямо противоположные представления о науке и верификации, также критикуют осмысленность метафизики, продолжая традицию Хайдеггера и Ницше, считая и метафизику, и философию целиком, и естественные науки лишь «временной аберрацией западного сознания».
Такой сильный разброс позиций критиков оставляет метафизике широкое пространство для манёвра, и в целом в течение последних ста лет интерес к метафизике нарастает. Метафизические исследования идут внутри разных областей философии, например, внутри философии науки, философии языка, философии культуры. Современная метафизика представляет собой высокоспециализированную дисциплину, в которой с использованием логики высоких порядков происходят попытки отделения от «вечных» вопросов каких-либо разрешимых частей.