В 1698 году Пётр I вернулся в Россию, несмотря на провал главной цели Великого посольства — укрепления антитурецкого союза в Священной лиге. Европейские монархи, особенно император Священной Римской империи Леопольд I, ожидали развязки в Испании, где болезненный король Карл II, не имевший наследников, мог умереть, что грозило новой войной. Габсбурги опасались, что согласно завещанию Карла II испанская корона перейдёт к Филиппу, герцогу Анжуйскому, внуку Людовика XIV, что нарушало их интересы.
Тем не менее миссия была успешной в других аспектах. Пётр I посетил ключевые страны Европы, включая Голландию, где получил квалификацию корабельного плотника. В Польше на трон взошёл Август Сильный, саксонский курфюрст, поддерживавший Россию. Множество молодых российских дворян были отправлены на учёбу за границу, а в Россию прибыли сотни европейских специалистов, включая врачей и инженеров. Пётр активно заимствовал европейские идеи для реформ.
Возвращение было неспешным. В Вене Пётр подтвердил, что создание нового союза против Османской империи невозможно, а старый союз неэффективен из-за игнорирования российских интересов. Однако личные отношения с Леопольдом были дружественными, открывая перспективы для будущего сотрудничества. Они планировали продолжить путешествие в Венецию, когда получили тревожные вести из Москвы.
В 1550 году царь Иван IV Васильевич учредил стрелецкое войско, которое стало важным элементом военной организации Московского государства. В отличие от поместной конницы, стрельцы были организованы более строго и вооружались единообразно. Их основным источником дохода были привилегии в торговле и ремесле, а не регулярное жалование, которое выплачивалось нерегулярно и не полностью. В мирное время стрельцов периодически отпускали к их лавкам и мастерским.
К концу правления царя Алексея Михайловича (1676 г.) в Московском государстве насчитывалось более 70 стрелецких полков, из которых 26 находились в Москве. Они обладали сильным духом и боевым опытом. Стрельцы селились кучно, и их присутствие в Москве оставило след в топонимике города.
В 1630-е годы, наряду со стрелецкими полками, начали формироваться полки нового, иноземного строя — солдатские, рейтарские и драгунские. Это было регулярное войско, получавшее жалование, пропитание и оружие от казны. Оно хорошо зарекомендовало себя в войнах с Польшей и Швецией, почти не уступая европейским армиям в выучке и дисциплине. Стрельцы же оказались менее эффективными.
Перспективы стрелецкого войска были ограничены: либо превратиться в городскую стражу, потеряв престиж и привилегии, либо «догонять» полки нового строя, что означало отказ от домашнего уюта и привычного образа жизни. Стрельцы понимали, что их время уходит.
Следствием этих процессов стал стрелецкий бунт 1682 года. После смерти бездетного царя Фёдора Алексеевича возникла династическая коллизия: старший брат, Иван, был слаб здоровьем и неразумен, младший, Пётр, напротив, отличался живым умом и хорошим самочувствием. За каждым из кандидатов стояли родственные кланы Милославских и Нарышкиных.
Согласно традиционной версии, царевна Софья Алексеевна, поддерживаемая стрельцами, спровоцировала бунт, распространяя слухи о том, что Нарышкины намерены лишить стрелецкое войско привилегий. Стрельцы, поверив этим слухам, ворвались в Кремль и устроили погром, несмотря на то, что царевич Иван был жив и здоров.
Для подавления мятежа потребовалось около трёх месяцев. Амбициозная царевна Софья воспользовалась ситуацией и заняла регентское положение при малолетних царях-соправителях.
Последствия восстания проявились спустя семь лет. В начале 1689 года Пётр Алексеевич вступил в брак по настоянию матери, что символизировало его совершеннолетие. Через полгода он потребовал от сестры вернуться к статусу «простой царевны».
Софья, лишённая поддержки церкви и боярства, попыталась использовать недовольство стрельцов. В ночь на 8 августа 1689 года два стрельца сообщили Петру в подмосковном Преображенском о планах Фёдора Шакловитого, действовавшего от имени Софьи, собрать войска.
Пётр, сопровождаемый «потешными» полками, перебрался в Троице-Сергиев монастырь и приказал гарнизону присоединиться к нему. Большинство стрельцов не решились выступить против царя, что привело к признанию поражения Софьей. Молодой Пётр укрепился на престоле, а сестру сослали в Новодевичий монастырь под почётную стражу.
Стрельцов помиловали, поскольку заменить их было некому. Они участвовали в Азовских походах, и после успешного завершения второй попытки кампании четыре из тринадцати полков остались для гарнизонной службы в Азове. В 1697 году их сменили, но вместо отдыха в Москве они были направлены на западную границу в Великие Луки под командованием Михаила Григорьевича Ромодановского.
Путешествие было сложным: снабжение оставляло желать лучшего, и стрельцы часто просили еду в деревнях. Это позже использовалось против них как обвинение в «порочении царской службы». По прибытии они столкнулись с нехваткой жилья и низким жалованием, едва покрывавшим расходы на хлеб.
Стрельцы оказались в тяжёлых условиях, испытывая недостаток продовольствия, холод и лишения. Они надеялись вернуться в Москву после трёх лет службы, но получили приказ передислоцироваться в Торопец.
Длительное угнетение и тяжёлые условия могли привести к бунту. Эта гипотеза подтвердилась на практике, что демонстрирует пренебрежение военного руководства к нуждам подчинённых. Возможно, это была намеренная стратегия для ослабления их морального духа и предотвращения возможных выступлений.
В марте 1698 года в Москву прибыли полторы сотни дезертировавших стрельцов, которые принесли челобитную от своих товарищей, оставшихся на южных рубежах. Стрельцы жаловались на тяжёлые условия службы, высокие цены на припасы и задержки в выплате жалования. Они также выразили желание вернуться домой, чтобы отдохнуть. В кабаках и на постоялых дворах они критиковали царских воевод, обвиняя их в жестокости и несправедливости. Особое недовольство вызывал Лефорт, которого считали иностранцем, и слухи о том, что царь Пётр I, находившийся за границей, погиб или был пленён.
Фёдор Ромодановский, оставшийся в Москве, приказал выплатить стрельцам по 1 рублю 60 копеек и потребовал покинуть столицу до 3 апреля. Однако его действия только усугубили ситуацию. Царь Пётр, узнав о бунте, выразил недовольство и разочарование в письме к Ромодановскому.
Стрельцы, не получив удовлетворения требований, продолжили настаивать на возвращении и выплате жалования. Попытки арестовать их не увенчались успехом, и мятежники захватили знамёна и пушки, отправившись в Москву. 18 июня 1698 года на реке Истре произошло решающее сражение, где две тысячи мятежных стрельцов столкнулись с восьмитысячным правительственным войском. Несмотря на численное превосходство, стрельцы оказали ожесточённое сопротивление.
После поражения стрельцы отступили, но мятеж не был подавлен. Ромодановский начал следствие, в ходе которого под пытками были допрошены сотни участников. Он предложил повесить 56 главных заговорщиков, полторы сотни сослать и остальных отправить в тюрьмы.
Царь Пётр, вернувшийся в Москву, остался недоволен результатами следствия и счёл, что Ромодановский не раскрыл всю глубину заговора. Он учредил десять «следственных бригад» и лично провёл важнейшие допросы.
Казни начались в октябре 1698 года и продолжались до февраля 1700 года. Всего было казнено около тысячи стрельцов, более полутысячи сосланы. В последующие годы продолжали выноситься приговоры, и последний осуждённый был казнён в 1707 году.