Подобно многим французским генералам того времени, Дезе восторгался подвигами Бонапарта и, желая попасть под его команду, устроил себе командировку в Итальянскую армию. Очарованный приемом Наполеона, Дезе принял с ним участие в Египетской экспедиции.
Командуя авангардом, Дезе разбил арабов при Уамбо и, уничтожив войска Мурад-Бея, завоевал большую часть Верхнего Египта.
Во время второй итальянской кампании Дезе получил под свое командование 2 дивизии. Когда он был уже на марше в Геную, то услышал канонаду со стороны Маренго. Поняв, откуда грозит опасность, он двинул свои войска форсированным маршем на звуки выстрелов.
Движение это было как нельзя более кстати. Когда Дезе явился, Бонапарт сказал ему: «Сражение проиграно». «Это сражение проиграно, — ответил Дезе, — но сейчас всего лишь 3 часа, и у нас есть ещё время, чтобы выиграть другое», и тотчас же отдал приказ о контратаке.
Дезе двинул на австрийцев свои дивизии и сам возглавил контратаку. Не ожидавшие нового нападения, австрийцы смешались, дрогнули и, побежали.
Однако при первом же залпе противника Дезе был смертельно ранен. Последней его просьбой стало скрыть его смерть от солдат, чтобы не помешать победе.
Узнав о смерти своего любимого командира, солдаты пришли в такую ярость, что не брали пленных. Наполеон, несмотря на радость победы, был глубоко огорчен смертью Дезе и настоял, чтобы его похороны прошли как можно более торжественно. Это был первый раз, когда Бонапарт заплакал на глазах у всей армии. Он приказал похоронить Дезе на вершине Альп в монастыре Сен-Бернар. «Пусть Альпы, — сказал он, — служат пьедесталом его памятника и святые отцы — хранителями его могилы».
По отзывам современников, Дезе был предан лишь славе и жил войной. Богатство и удовольствия жизни не имели для него цены и не отнимали у него ни одной минуты. Всегда небрежно одетый, он часто засыпал у орудия, завернувшись в шинель. Наполеон впоследствии вспоминал о Дезе, как об одном из самых даровитых генералов того времени. Со 100% вероятностью можно сказать, что он стал бы маршалом Франции в первых рядах, если бы не погиб при Маренго.