Широкую известность полковник Квачков получил благодаря громкому делу о покушении на Анатолия Чубайса. Многие до сих пор уверены, что причиной заключения в тюрьму отставного офицера стало именно это.
Действительно, в 2005 году Квачкова обвинили в попытке убийства Чубайса. Однако, спустя время, судебные органы вынесли оправдательный вердикт. Квачкову инкриминировали организацию взрыва, произошедшего на пути следования кортежа Анатолия Чубайса по Митьковскому шоссе. Тогда на обочине сработало самодельное взрывное устройство, а затем бронированный автомобиль подвергся обстрелу из автоматов Калашникова. Тем не менее, Чубайс избежал серьёзных повреждений, и его защищённая машина оперативно покинула место инцидента.
С марта 2005 года по июнь 2008 года Квачков содержался в следственном изоляторе «Матросская Тишина». Оправдательный приговор, вынесенный коллегией присяжных Московского областного суда, не остановил сторонников жёсткой линии. Генеральная прокуратура Российской Федерации обжаловала данное решение.
И только 22 декабря 2010 года Верховный Суд оставил в силе уже второй оправдательный приговор. Казалось бы, дело закрыто. Но «борцы за народное благо» не успокоились. На следующий день после оглашения оправдательного вердикта, 23 декабря, Квачков был вновь задержан.
На этот раз бывшего полковника спецназа ГРУ обвинили в организации вооружённого восстания и вовлечении граждан в террористическую деятельность.
Именно по этому обвинению он был признан виновным и отправлен в тюрьму. Фактически, Чубайс не имел к этому делу никакого отношения. Первоначально 64-летнему полковнику назначили 13 лет лишения свободы в колонии строгого режима, но затем Верховный суд сократил этот срок до восьми лет.
Квачков отрицал свою вину. В суде он утверждал, что готовился не к мятежу, а «к партизанской войне в случае вторжения противника». Однако это не повлияло на решение судей: организация частных вооруженных формирований в России запрещена под любым предлогом.
По версии следствия, в патриотическом движении «Народное ополчение имени Минина и Пожарского» (деятельность которого в настоящее время запрещена в России), возглавляемом Квачковым, была создана военизированная структура, готовившаяся к вооружённому мятежу с целью свержения действующей власти. Тренировки, по мнению следователей, проводились под видом игры в пейнтбол.
Следствие утверждало, что Квачков ездил по стране, устанавливая контакты с лицами, выражающими недовольство властью (в основном с военными пенсионерами, подобными ему), и вербовал их в свою военизированную организацию.
При обыске у отставного полковника не было обнаружено значительного арсенала: лишь несколько ножей, два травматических пистолета и небольшое количество патронов к ним.
Однако, по версии следствия, оружие Квачков и его соратники из «ополчения» планировали добыть, захватив воинскую часть в городе Коврове – учебный центр № 467, а также склады 1-го и 73-го арсеналов Главного ракетно-артиллерийского управления (ГРАУ).
После захвата части предполагалось захватить здания силовых структур и двинуться на Владимир, Иваново и Москву. И всё это – силами около шестисот «ополченцев».
Дальнейшие действия «путчистов» вызывают сомнения. Планировалось, что боевая колонна, используя захваченную в учебном центре бронетехнику, двинется во Владимир, а затем в Иваново. После этого предполагалось перекрыть дороги в Москву и объявить о свержении власти через средства массовой информации.
Одновременно сторонники Квачкова должны были организовать вооруженные выступления в других крупных городах России, таких как Санкт-Петербург, Воронеж, Уфа и Екатеринбург.
Восстание планировалось начать в конце июля – начале августа. Соратники со всех регионов заранее прибывали в лес под Ковровом с палатками и снаряжением, маскируясь под охотников, рыбаков и туристов.
Первыми прибывали невооружённые ополченцы, а затем – те, у кого было легальное охотничье и травматическое оружие.
20 июля 2010 года из Москвы на электричках начали прибывать первые ополченцы, замаскированные под охотников и рыболовов. Они разбили лагерь в лесу к югу от села Ащерино, недалеко от пруда. Установили палатки, развели костры и стали ждать прибытия основных сил, которые должны были привезти оружие. Но рано утром следующего дня «повстанцы» были задержаны группами захвата ФСБ.
В квартирах ополченцев, включая квартиру Квачкова, были проведены обыски. Однако, по официальной версии, тогда было решено никого не арестовывать сразу, чтобы не создавать из «ополченцев Минина и Пожарского» новых мучеников за народное дело.
После вынесения нового приговора Квачков просил военную коллегию оправдать его, поскольку он отбыл две трети срока по первому уголовному делу. Он также просил перевести его из колонии строгого режима в колонию-поселение.
Окончательно понять роль Квачкова и его «ополченцев» в подготовке мятежа затруднительно из-за закрытого характера судебного процесса и отсутствия полной информации об этом деле.