Деревянная церковь в Малаховке построена в 1903 году на пожертвования Соколовых – владельцев северной части популярной дачной местности. Один из братьев Сергей Алексеевич Соколов был основателем литературного издательства "Гриф". Соколов знал многих поэтов и писателей Серебряного века: Константина Бальмонта, Андрея Белого, Александра Блока.
Название дачного поселка Малаховка происходило от фамилии купца Малахова, который в начале XIX столетия владел в этих краях сукновальней. В 1885 г. Федор Шпигель арендовал земли у англичанина Аллея при железнодорожной станции Малаховка и построил здесь первые дачи. К началу XX в. Малаховка приобрела известность в творческой среде. Дачная местность в то время уже имела двух разных владельцев. Первой частью «Соколово-Малахово», находившейся к северу от железной дороги, владели сыновья Алексея Дорофеевича Соколова – Павел и Алексей. Южной частью «Малахово-Озеро» владели Николай Дмитриевич Телешов и его жена Елена Андреевна Карзинкина.
Соколовы и Телешовы во всем конкурировали между собой. Они также соревновались в чести построить дачную церковь именно на своей части поселка. В итоге, церковь было решено строить в северной части Малаховки, которой владели братья Соколовы. Также на северной части Малаховки была проведена линия конной железной дороги и построен Летний театр.
Закладка нового храма состоялась 14 июля 1902 года при участии епископа Трифона (Туркестанова). Как отмечал корреспондент "Московского листка", храм возводился "на земле и на пожертвования господ Соколовых с участием других жертвователей-дачевладельцев". Малаховская церковь строилась в русско-византийском стиле и имела три престола: главный Петропавловский и придельные святой княгини Ольги и Алексия, человека Божия.
Сергей Алексеевич Соколов (псевдоним Сергей Кречетов) был человеком незаурядным. Он известен как адвокат, поэт, руководитель издательства "Гриф", участник Первой Мировой войны (три года провел в немецком плену), участник Белого движения, издатель антисоветских журналов в эмиграции. Поэт серебряного века Андрей Белый так вспоминал Соколова-Кречетова:
С эстрады, – как кречет; а в кресле домашнем своем – само "добродушие" и "прямодушие", режущее "правду-матку"; не слишком ли? Бывало, он так "переправдит", что просто не знаешь, кидаться ли в объятия и благодарить, иль грубо оборвать… Имел дар: был – делец, достающий деньгу для издательства и перекидывающий с руки на руку, точно брелоки, журналы: "Искусство", "Руно", "Перевал" – были сфабрикованы им, как и издательство "Гриф".
Строительство Петропавловской церкви в Малаховке завершилось в 1908 году. В это время жена Соколова писательница Нина Петровская ушла от мужа к поэту Валерию Брюсову (она стала прототипом героини в романе «Огненный ангел»), а в 1911 году официально развелась с Соколовым и уехала из России.
Вскоре после расставания началась Первая Мировая война, и Сергей Алексеевич записался добровольцем. В 1915 году Соколов-Кречетов издал дневники "С железом в руках, с крестом в сердце" о своей фронтовой жизни. Несколько ярких отрывков из этой книги раскрывают взгляды благотворителя Петропавловской церкви в Малаховке. Однажды после литургии в полковом храме-вагоне Соколов записал:
Ныне силы небесные с нами невидимо служат…Никогда я так ясно не чувствовал близости Бога. В этом простом вагоне, под этим серым небом, верую, совершается великое таинство. В воздухе, над склоненной толпой, тихие, белоснежные веют крылья, и в трепете закрывают лица многоочитые херувимы, чуя присутствие Божие…Обедня кончилась… На душе спокойствие и ясность. Серая мгла заволакивает дали, слезы дождя текут по запотевшим окнам. Что в том? Там, в высоте, вечная сияет лазурь.
Еще одна заметка Соколова описывала богослужение на Рождество в комнате немецкого заброшенного дома в Восточной Пруссии:
Свете тихий святыя славы… – торжественно и плавно льются знакомые с детства слова… Господи, Господи! Кто увидит твой тихий вечерний свет? Кто услышит твой тихий вечерний зов? Пушистая, дымчатая немецкая кошка Марта удивленно ходит около священника и смотрит большими глазами на непонятное ей зрелище.
Деревянный храм в дачной местности должен был символизировать гармонию подмосковной природы и религиозного созерцания - своеобразный "лесной храм". Близкое ощущение Соколов записал в своем фронтовом дневнике:
Солнце было на закате. Лес тихо редел, и сквозь сливающуюся чащу стволов струились расплавленные рубины и червонное золото. Хотелось молчать. Было тихо и торжественно в лесном храме, и в величавом его спокойствии золотой фимиам проливался благостно, не ведая людских распрей, равно для правых и виноватых.