В миру он был Иоанном. Родился в Новгороде в конце XIV века, рано потерял родителей. Ещё в детстве он услышал предсказание о своём будущем святительстве от блаженного Михаила Клопского († около 1453–1456 гг., память 11/24 января), которое сбылось через пятьдесят лет.
Достигнув зрелости, Иоанн принял монашество в Отенской пустыни. За свою праведную жизнь братия избрала его настоятелем, а в 1458 году новгородцы пожелали видеть Иону своим архиепископом. Для своей паствы он был духовным наставником и отцом, особенно заботился о вдовах и сиротах.
Святитель пользовался любовью и уважением горожан, неоднократно выступал ходатаем за мятежных новгородцев перед великим князем московским, смягчая его гнев и удерживая Новгород от союза с Литвой.
Святитель также заботился о духовном просвещении своей паствы и строительстве храмов, не забывая и об Отенской пустыни. Он оказал большую помощь и поддержку в основании Соловецкого монастыря: преподобному Зосиме († 1478 г., память 17/30 апреля) святитель Иона выдал грамоту, по которой вместе с мирскими властями передал во владение новой обители весь Соловецкий остров.
Архиепископ Иона отошёл ко Господу 5 ноября 1470 года. Его нетленные мощи прославились многочисленными чудесами.