Земли в том месте, где теперь проходит улица Большая Якиманка, раньше были довольно неприглядными, и жили тут люди довольно бедные: крестьяне, поляки, осевшие в Москве после Смутного времени, стрельцы. Из-за старицы Москва-реки местность была заболоченной, а по-весне и вовсе затоплялась. Вести строительство было сложно, в основном здесь были поля и огороды. Кстати, а вы знаете, откуда пошло название Якиманка? На том месте, где сейчас улица Малая Якиманка пересекается с Якиманским проездом, с конца 15-го века стояла Благовещенская церковь (её снесли в 1969-м году). У церкви той был придел Иоакима и Анны. Местности часто начинали называть в народе по названию церквей, на них стоящих, а церкви обычно величали по названию какого-то из их приделов. Вот отсюда и повелось:) Ну, так вот. Очередное мощное наводнение весной 1709-го года разрушило деревянную церковь Святого Иоанна, которая находилась тогда ближе к реке. Новый храм решено было соорудить в более безопасном месте. Это был год победы русского войска над шведами под Полтавой, так что сам царь Петр Первый благоволил строительству и сделал щедрое пожертвование в 300 рублей. Есть даже предание, что Петр сам сделал чертёж нового храма. Но всё же большинство историков склоняется в пользу того, что архитектором проекта был Иван Петрович Зарудный (из-за сходства храма с «Меншиковой башней» в Басманном районе). Хотя доподлинно архитектор неизвестен.
Храм строили с 1709-го по 1717-ый годы. Его архитектурный стиль включает элементы московского, украинского и европейского барокко. Позже в 1759-м году к трапезной с левой стороны был пристроен придел во имя Святого митрополита Дмитрия Ростовского. Храм этот, удивительным образом, никогда не закрывался для богослужения и не был в обновленчестве. Но вот настоятель его, протоиерей Христофор Надеждин, был расстрелян в 1922-м году за противодействие изъятию церковных ценностей. Теперь он прославлен в лике Собора новомучеников и исповедников Российских. Позднее в храм Иоанна Воина начали переносить некоторые святыни из закрытых или уничтоженных соседних церквей. Среди них – икону святых Иоакима и Анны из Благовещенской церкви и образ Василия Блаженного из одноименного собора. А золоченый резной иконостас был изначально изготовлен для храма Трех Святителей у Красных ворот.