История Христорождественской церкви, стоящей ниже Духовской по течению реки Мологи в Устюжне, известна с XVI столетия. В то время здесь стояла церковь в честь Покрова Божией Матери. Строения она была деревянного, "вверх", с папертями. Равно как и другие храмы города, строили её на средства прихожан посада. В конце 80-х годов XVI века к ней добавили придел во имя Рождества Христова, около церкви построили кельи для нищих, которые жили почти при каждой городской церкви, питаясь подаянием. Таковою же церковь оставалась и в XVII веке. Только вместо бывшего придела Рождества Христова построили храм того же наименования.
29 марта 1774 года грамотою Преосвященного Антония, епископа Олонецкого и Каргопольского, разрешено было вместо двух ветхих деревянных церквей XVI-XVII веков построить новую каменную церковь в честь Рождества Христова, холодную. При ней выстроили теплые приделы в честь Покрова Богородицы и Владимирской иконы Богоматери. Закончена новая постройка была в 1781 году и тогда же освящена. Первоначальная шатровая ее колокольня, построенная в 1802-1805 годах, вследствие технических просчетов оказалась недолговечной. Колокола с нее были сняты 13 января 1827 года и повешены на столбах. Начатая в 1829 году кладка новой колокольни закончена была в 1832 году — она стала трехъярусной.
Прежние, современные постройке церкви иконостасы, к XIX веку не сохранились. Новый, четырехъярусный, столярной работы иконостас в "византийском" стиле был создан в 1854 году на средства прихожан. Придельные иконостасы, резные и позолоченные, существовавшие с 1834 года, окрасили в 1880 году на средства ктитора храма — купца Василия Павловича Проскурякова. Осыпавшаяся в холодной церкви Рождества Христова фресковая роспись заново была переписана в 1885 году на вклад Василия Михайловича Дьякова. Также поновили в 1886 году роспись на пожертвования Евдокии Гавриловны Проскуряковой и того же В.М. Дьякова. Перестройки начала XX века были незначительными и коснулись в основном паперти, полов и окон. В то же время живописцем из города Рыбинска Александром Ушаковым написаны в клеймах различные богородичные сюжеты, мученицы Евдокия и Варвара, преподобный Иаков Боровичский. И, наконец, в 1907 году сделали паперть и покрыли алюминием главы.
После 1917 года церковь продолжала действовать. Во всяком случае, в 1939 году, когда все городские храмы были уже закрыты. Но пришел черед и этой церкви: разобрали колокольню, уничтожили иконостасы, почти всю ограду. Храм долгое время занимали разные организации, территория вокруг церкви захламлена, стены внутри закопчены, разрушались быстрыми темпами главы и элементы декора.
В наши времена, как видим, ведется реставрация церкви. Делается это, однако, весьма неспешными темпами.
