29 марта 1940 года нарком К.Е. Ворошилов подписал приказ о выделении из состава Военно-воздушной ордена Ленина академии имени проф. Н.Е. Жуковского оперативного, командного, заочного, штурманского факультетов и курсов усовершенствования начальствующего состава ВВС в самостоятельную академию, которой было присвоено наименование Военно-воздушная академия командного и штурманского состава ВВС Красной Армии (с 1946 года именовалась Военная академиемия, а в 1968 году академии было присвоено имя Ю.А. Гагарина).
Свой долг по защите Родины в период ВОВ сотрудники и слушатели академии имени Н.Е.Жуковского выполняли на фронте, в учебных кабинетах, в цехах оборонных предприятий и научных лабораториях. Руководил академией генерал-лейтенант авиации Н.А. Соколов-Соколенок, эффективно решая основную задачу – обеспечивая советские ВВС высококвалифицированными авиационными инженерными кадрами. Для ускоренного выпуска авиационных инженеров и обеспечения качества профессорско-преподавательского состава в 1941 году в академию были призваны студенты старших курсов лучших университетов и технических вузов страны. Через три года большая группа выпускников этого курса была принята в адъюнктуру академии. В июле 1941 года на фронт убыло два досрочных выпуска слушателей старших курсов в количестве 595 человек, а также курсов переподготовки инженеров-практиков. В августе 1941 года при академии был создан учебный центр, имевший самолетный и двигательный циклы со сроком обучения около недели. А с августа 1941 года работа академии была продолжена в эвакуации в г. Свердловске, где сотрудникам и слушателям пришлось своими силами заново воссоздавать учебно-материальную базу, в том числе аэродинамические трубы, лаборатории, мастерские по сборке самолетов и авиационных двигателей, испытательные стенды и т.п. Непродолжительное время академией командовал генерал-лейтенант ИТС С.П. Хадеев. В этих сложнейших условиях академия не только выживала, но и развивалась. В 1943 году академия вернулась из эвакуации. Результативной формой обучения была стажировка слушателей в частях действующей армии. Всего за годы войны слушатели-стажеры участвовали в обеспечении 37500 самолето-вылета, в восстановлении в полевых условиях 1500 самолетов и 850 моторов. В годы войны учебные занятия были тесно связаны с научными исследованиями. Итогом работы академии в годы войны стал выпуск около 2,5 тысяч авиационных инженеров (1146 специалистов инженерного факультета, 895 – факультета авиавооружения и 440 – факультета спецоборудования). В августе 1946 года образовался радиотехнический факультет, затем последовало переименование в Военно-воздушную инженерную ордена Ленина Краснознаменную академию им. проф. Н.Е. Жуковского. До конца 1960-х годов начальником вуза был генерал-майор В.И. Волков, в 1969-1973 годах руководил академией генерал-лейтенант ИТС Н.М. Федяев, с марта 1973 года – генерал-полковник В.В. Филиппов, в 1992 году начальником был назначен генерал-полковник В.В. Коваленок. Постановлением Правительства РФ от 29 августа 1998 года академия была переименована в Военный авиационный технический университет (ВАТУ). С 2002 года академию возглавил выпускник ВВА им. Ю.А. Гагарина (п. Монино, МО) А.Н. Максимов.
В 2008 году распоряжением Правительства две академии ВВС вновь были объединены в ВУНЦ ВВС «Военно-воздушную академию проф. Н. Е. Жуковского и Ю.А. Гагарина» (пгт. Монино, МО). В 2012 году в результате слияния «Военно-воздушной академии им. проф. Н. Е. Жуковского и Ю. А. Гагарина» и Военного авиационного инженерного университета был образован Военный учебно-научный центр Военно-воздушных сил «Военно-воздушная академия им. проф. Н.Е. Жуковского и Ю.А. Гагарина» (г. Воронеж).
