352 года назад, 15 (25) октября 1672 г., в Ярославле была освящена каменная церковь Николы в Меленках. Название храма произошло от названия закоторосльной Мельницкой слободы, известной с XVII века своими ветряными и водяными мельницами.
Раньше на этом месте существовал Николо-Сковородский, что на Глинищах монастырь. Он был основан в XV веке, и один из ярославских князей - Роман Фёдорович - пожаловал обители своё село. Через столетие село Меленки и окрестные деревни Творогово, Зверинец, Титовская, Ильцино и Полянки упоминаются в грамоте Ивана Грозного, датированной 1555 годом. Царь пожаловал эти земли Спасскому монастырю, от которого зависела и Николо-Сковородская обитель.
В 1609 году, при осаде Ярославля тушинцами, монастырь в Меленках был разорён, а монахи во главе с настоятелем Варсонофием перебиты. После Смуты обитель восстанавливать не стали. По преданию, на её развалинах обитал юродивый Илья. Однажды он пришел в Ярославль и кричал: «Жарко! Жарко!» На следующий день случился Большой пожар, который практически уничтожил город. Впрочем, есть версия, что Николо-Сковородский монастырь находился не в Меленках, а ближе к Кавардаковскому ручью и будущей Петропавловской церкви.
Как бы то ни было, в 1668 году митрополит Ростовский Иона дал разрешение прихожанам Никольской церкви в Меленках возвести каменную церковь вместо старой деревянной. Инициаторами выступили местный купец Мартиниан (Мартьян) Дурандин и его соседи - Макар Гурьев, Абрам Сенельский и Фёдор Жыхарев. Но основные средства выделил именно Дурандин. Впрочем, до конца строительства купец-благотворитель не дожил, он умер в том же 1668 году, приняв перед смертью постриг под именем Макария.
В 1672 году строительство пятиглавого каменного храма было завершено. И 15 октября состоялось его освящение. Главный престол был посвящён Николаю Чудотворцу, а придел на северной стороне - Прокопию Устюжскому. Храмовой иконой был обложенный серебряной ризой образ Николая Чудотворца, чудесно уцелевший после пожара в Николо-Сковородском монастыре в 1609 году. Рядом построили маленькую тёплую Успенскую церковь, куда икону переносили на зиму.
Интересно, что расписали Никольский храм уже в следующем XVIII веке. В 1705-1707 годах над стенописью работал ярославский мастер Фёдор Фёдоров с артелью. Среди росписей есть изображения царя Константина и князя Владимира Святого, ярославских князей и ростовских святителей, а также сцены из русской истории: «Защита Печерского монастыря от поляков» и «Спасение Руси от Темир-Аксака». В последней на фоне белокаменной Москвы изображена пышная процессия крестного хода с иконой Владимирской Богоматери.
В XIX веке фрески были частично отреставрированы. Но XX век нанёс по ним свой удар. В 1931 году Николо-Мельницкая церковь была закрыта советскими властями, в 1939-м — снесена колокольня. Примерно тогда же снесли и Успенскую церковь. Здание Никольского храма в советское время использовалось под механический цех, где было установлено кузнечное и прессовое оборудование. Такая эксплуатация нанесла значительный урон храму, особенно его интерьерам: фрески находились в катастрофическом состоянии, с многочисленными утратами, не сохранился иконостас.
В 1995 году церковь была возвращена Русской Православной Церкви. До революции площадь, где находится храм, называлась Николомельницкой. Современный адрес - ул. Стачек, 58а.