Сергей Григорьевич Сахаров родился 2 июля 1887 года в селе Царёвка Тамбовской губернии. Родители его жили во Владимире: отец, Григорий Сахаров, был надворным советником в отставке, мать, Матрона Сахарова, происходила из простых крестьян.
В 1912г в 15 лет Сергей был пострижен в монашество с именем Афанасия в честь святителя Афанасия Пателария, патриарха Цареградского, Лубенского чудотворца. В том же году Афанасий был рукоположен в сан иеромонаха.
В 1917–1918 годах отец Афанасий, как делегат от монашествующих, принимал участие в работе Поместного собора Православной российской церкви.
Во время революции святитель Афанасий освящал оскверненные церкви и призывал отступников к покаянию. Владыка запрещал общаться с обновленцами, сохраняя к ним милосердие. Первый арест святителя произошел 30 марта 1922 года, что положило начало долгим тюремным испытаниям. Он считал тюрьму «изолятором от обновленческой эпидемии». Его путь проходил через множество тюрем и лагерей, включая владимирскую, Таганскую, Соловецкий и другие. 9 ноября 1951 года закончились его лагерные мытарства, но он оставался в неведении о своей судьбе и был помещен в дом инвалидов на станции Потьма. В 1937-38 годах его неоднократно арестовывали, готовя к расстрелу.
В 1921 году архимандрит Афанасий был назначен настоятелем Боголюбского монастыря, через девять дней, по благословению патриарха Тихона (Беллавина) хиротонисан в сан епископа Ковровского.
Главным делом своей жизни владыка считал исправление и доработку церковных служб. Особое внимание он уделял осторожной русификации церковнославянских текстов. Руке епископа принадлежат труды о шестопсалмии, о поминовении усопших по уставу Православной Церкви, служба Всем Святым в земле Русской просиявшим.
Скончался епископ Афанасий 28 октября 1962 года и был похоронен на Старом кладбище Владимира.
В августе 2000 года епископ Афанасий Ковровский был причислен к лику святых в чине священноисповедника. 14 октября 2000 года состоялось обретение его святых мощей, 29 октября они крестным ходом были перенесены в Рождество-Богородицкий монастырь города Владимира.