Несмотря на небольшую площадь (1086,31 м²), расстояние от поверхности до дна составляет 20–28 метров. Столь большая глубина объясняется происхождением озерной чаши, которая представляет собой карстовую воронку с практически отвесными стенами (угол наклона 70–90°). Небольшая отмель присутствует только с южной стороны. Озеро имеет круглую форму, которая постепенно меняется. Это явление характерно для любых карстовых водоемов. Сегодня диаметр водного зеркала составляет 42 м, хотя в 19 в. был всего 16 метров (по данным краеведа П. С. Лосиевского). Благодаря высокому уровню прозрачности воды в ясную солнечную погоду дно хорошо просматривается с поверхности практически с любых ракурсов. С берега можно увидеть застывшие в причудливых «позах» многоклеточные хардовые водоросли, покрытые черными и зеленым налетом известняковые отложения, причудливые «сталактиты» из спрессованной органики. Минерализованная вода из Голубого озера не пригодна для питья даже после фильтрации, поскольку в ее составе