Савватиевская пустынь была основана в 12 верстах к северо-западу от монастыря, на месте, где в течение шести лет жили первооснователи обители преподобные Савватий и Герман, придя на Соловки в 1429 году. Место выбрано не случайно: всего в километре находится выход в море - Сосновая губа, рядом - озеро и невдалеке прекрасный ориентир - гора. «Видевшие же место некое стройно и водрузиста хижицу себе близ езера и малым вдалее моря имущее яко поприще едино… и ту начат преподобныи к трудом труды прилагати», - сообщает старинное житие. Вскоре пустынниками была возведена деревянная часовня, куда поставили привезенную преподобным Савватием икону Божией Матери «Одигитрия».
До XVIII века в пустыни селились лишь монахи-отшельники. В 1757 году старая часовня была отремонтирована, устроены новые кельи «с сенми и полатями», на озере построена пристань. А спустя два года были построены еще одна изба с сенями и новая конюшня, а также расчищена дорога, связывающая пустынь со старой Исаковской дорогой на монастырь.
В ХIХ веке пустынь стала местом, где летом жили монастырские рыбаки и сенокосцы. Была увеличена площадь лугов, построены жилые корпуса, на канале, соединяющем озеро с морской губой, сооружена валунная баня, а в стороне, у доро ги, - каменная конюшня. Для паломников построена вместительная гостиница.
Наиболее масштабное строительство в пустыни начинается во второй половине ХIХ века. В 1858-1860 годах при настоятеле монастыря архимандрите Порфирии, в память избавления обителиот англичан в Крымскую войну, построена каменная церковь в честь Смоленской иконы Божией Матери «Одигитрия» по проекту архитектора Шахларева. В трехъярусном иконостасе храма слева от царских врат помещалась икона, привезенная преподобным Савватием, внизу которой была сделана надпись: «В 1543 году сей образ Пресвятыя Богородицы обретен игуменом Филиппом. А привезен первым на остров Савватием чудотворцем».
Рядом с храмом находилась старая деревянная часовня во имя преподобного Савватия, сооруженная в память первоначального пребывания пустынника на этом месте. В часовне находился деревянный крест с надписью: «…сий крест поставил Филипп, игумен Соловецкого монастыря».
После освящения храма пустынь получила устав заштатного общежительного скита.
В 1886-1890 годах строители из Великого Устюга возвели в пустыни каменный двухэтажный келейный корпус. Чуть позднее здесь были построены еще два деревянных жилых корпуса. В скиту постоянно проживали до восьми человек во главе со строителем-иеромонахом из монастыря. Здесь ежедневно совершались богослужения: утрени, литургии и вечерни с монастырским правилом. В летнее время в скит приезжало множество паломников.
Во времена лагеря в скиту до 1925 года содержалась большая группа «политиков» - эсеров, меньшевиков, а после вывоза их в июле 1925 года на материк, Савватиево превратилось в обычную лагерную командировку.
В период Великой Отечественной войны на территории скита располагалась школа юнг ВМФ, размещались учебные классы, штаб и жилье для командно-преподавательского состава.
В послевоенные годы вокруг скита поддерживались сенокосы, жили наемные рабочие Учебного отряда Северного флота. В 70-е - 80-е годы ХХ века скит несколько раз безуспешно пытались приспособить для базы отдыха.
Современность
Летом 1994 года возобновилась монашеская жизнь в Савватиевском скиту.
Монахи начали приходить туда по одному - для уединенной молитвы и отдыха. Рядом с братским корпусом были разбиты огороды и устроены теплицы, где выращиваются овощи для монастыря.
В дальнейшем в скиту стал постоянно проживать один из иноков. С началом огородных работ на помощь к нему приезжают братия монастыря и паломники.
В 2002 году на месте кельи преподобных Савватия и Германа был установлен четырехметровый поклонный крест.
Летом 2005 года начались реставрационно-восстановительные работы в храме в честь Смоленской иконы Божией Матери «Одигитрия». Реставрация интерьеров закончилась осенью 2009 года.
Немногим ранее над храмом была установлена глава и обновлены его фасады. Продолжается реставрация колокольни. Богослужения в храме пока совершаются лишь в престольный праздник.