Пустынь расположена на берегу живописного Игуменского озера в 2,5 километрах к востоку от монастыря. Святитель Филипп, будучи игуменом, любил удаляться сюда для уединенной молитвы и отдыха. Считается, что здесь перед избранием Филиппа митрополитом Московским и всея Руси во время молитвы ему явился Иисус Христос в терновом венце и оковах, и на месте видения брызнули из земли струи чистой ключевой воды. Игумен Филипп собственноручно углубил источник и поставил над ним деревянную часовню, в которую поместил изготовленный им деревянный образ Иисуса Христа.
В 1854 году в пустыни был построен храм в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник». В нем хранились резное изображение Христа и камень, служивший Филиппу возглавием вместо подушки. Колодец с водой, выкопанный святителем, находился в храме перед солеей. По сторонам церкви были поставлены колокольня и беседка одинаковой формы. Во второй половине XIX века был построен и каменный келейный корпус для проживания немногочисленной братии и настоятелей монастыря, любивших посещать пустынь.
В период Соловецкого лагеря особого назначения на территории бывшей пустыни располагался Биосад. Здесь усилиями заключенных проводилась большая работа по изучению и охране природы Соловков. В 1930 году в пустыни разместилась вначале биологическая лаборатория, а затем Центральная лаборатория Йодпрома. С середины февраля по конец августа 1935 года здесь работал в заключении священник Павел Флоренский, известный мыслитель и ученый ХХ века. В лаборатории с ним трудились ученые Р.Н. Литвинов, Н.Я. Брянцев. В тяжелейших условиях лагеря они сумели организовать и наладить высокоэффективное производство различных продуктов переработки водорослей. Полученные ими результаты превзошли мировые достижения того времени. Все трое ученых были расстреляны в 1937 году.
В начале 1930-х годов церковь в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник» сгорела. Вероятно, через несколько лет были разобраны и часовни.
Монашеская жизнь в Филипповской пустыни была возобновлена в 2004 году. В 2011 году здесь были начаты археологические раскопки. В ходе исследований был целиком вскрыт фундамент церкви во имя иконы Божией Матери «Живоносный Источник» и обнаружены следы пожара 1931 года, уничтожившего храм. Во время раскопок была собрана коллекция находок церковной утвари, а также предметов, относящихся к эпохе СЛОНа.
Источник: Материалы Соловецкого государственного историко-архитектурного и природного музея-заповедника.