«…Братское монастырское кладбище с церковью во имя преподобного Онуфрия Великого расположено вне монастырских стен на холме к югу от монастыря. Первая деревянная шатровая церковь была «построена за монастырем для погребения умерших братий и мирских и освящена в 1667 году, июня 16 дня». Эта же дата (7105 год) была указана и на древнем кресте, хранившемся в алтаре храма.
К началу XIX века деревянная церковь обветшала и в 1821 году была разобрана. Новый каменный храм был освящен в день своего престольного праздника на память преподобного Онуфрия Великого 12/25 июня 1824 года архимандритом Макарием. Иконостас в нем был трехъярусный деревянный окрашенный. На южной стене каменного храма была установлена плита с надписью: «Святая церковь Христова от начала своего считает священной обязанностью молиться за усопших. Для сего и тела усопших полагают вблизи святых храмов, дабы во время совершения бескровной жертвы Господу, возносить моление о покое душ их. И усопшая братия наша умоляет нас живых не забывать их постоянною молитвою. Молитва - суть живая непрерывная наша утешительная беседа, наше свидание – с почившими. Каждое слово молитвы принесет отраду в вечности. Сила молитвы может поднять душу со дна адова, очистить от всех грехов и дать вечный покой. Умершие - суть воины, отдыхающие мирным сном после трудных подвигов борьбы, но прозвучит труба Архангелова и мертвые о Христе воскреснут. Отцы – и братие! Будем прилежно молиться об усопших: но в то же время попечемся и о себе самих, чтобы наши дела, большею частию злыя и лукавыя, не последовали за нами в вечность и не постыдили нас пред лицем неба и земли, ангелов и человеков. Аминь».
В 1886 году был увеличен алтарь храма за счет уменьшения площади самой церкви, а с западной стороны была пристроена колокольня. Тогда же в дополнение к старой печи, находившейся в юго-западном углу церкви, была устроена новая печь в алтаре.
Важна молитва о упокоении душ усопших, но возможно и молитвенное обращение ко многим подвизавшимся на Святой Соловецкой земле и обретшим в ней покой. В жизнеописании монаха Даниила сохранилось следующее повествование, касающееся упокоившихся на монастырском кладбище: «В одно время, проживая в соловецком кремле, о. Даниил проходил по внутреннему коридору крепостной стены Соловецкого монастыря, где встретил одного инока, поприветствовав которого, спросил: "Как, брат, живешь?" Брат сей разочарованно отвечал: "Все мы живем очень худо, наверно и погибнем". И в таком глубоком разочаровании продолжал свой разговор с о. Даниилом. На все это о. Даниил и говорит ему: "Так думаешь, что все в монастыре грешники? Все погибнут? Нет, брат, напрасно ты так думаешь". Сказав сии слова, стал о. Даниил смотреть в окно на братское кладбище. Собеседник о. Даниила также подошел к окну, а старец уже строго вопрошает сего скорбного инока: "Посмотри-ка, брат, на кладбище, все ли в обители грешники?" И вдруг инок увидел горящие светильники над многими могилами почивших из братии. В это время о. Даниил снова спрашивает стоящего в благоговейном страхе инока: "Ну-ка, брат, как ты думаешь, все ли грешники там? Нет, не думай так, много было здесь людей, угождавших Господу и от Него прославленных и упокоенных во Царствии Небесном, но безвестных для нас. И сейчас еще много людей живет здесь благочестиво и богоугодно..." И множество других душеполезных наставлений поведал старец сему брату и отпустил его с миром душевным и бодрым духом, с изменившимся суждением о монастырской братии».
Церковь преподобного Онуфрия была единственной действовавшей во время СЛОНа. Богослужения в ней были разрешены до 1929 года, ради 60 монахов, отказавшихся покидать Соловецкий остров и трудившихся на правах вольнонаемных в лагерном хозяйстве.
О разорении монастырского кладбища писал Георгий Гаврилович Гордон - сын заключенного, приезжавший на Соловки в 1931 году для личного свидания. Ему еще пришлось видеть «поистине циклопические кресты на некоторых могилах. Восьмиконечные, потемневшие от непогоды, больше обхвата в окружности и до восьми метров высотой, как я определил, измерив шагами тень, показавшегося самым высоким, они казались особенно большими на фоне окружавших крестов обычных размеров... За первый "ударник" снесли примерно треть кладбища. На той самой косе, с которой монахи стреляли в англичан (в 1854 г.), выросла груда крестов и деревянных могильных оград... высотой с четырехэтажный дом... Потом эту кучу подожгли: она горела и тлела несколько суток».
В 1939-1940 годах колокольня, а потом церковь были разрушены сначала силами заключенных, а затем военных моряков. В воспоминаниях С. Эпштейна рассказывается о том, что в мае 1939 года заключенных соловецкой тюрьмы вывели за крепостные ворота и построили вдоль стены. Начальник тюрьмы объявил, что заключенным вместо сидения в казематах предоставляется возможность поработать на свежем воздухе. Работа оказалась для заключенных омерзительной. «Приказано было раскопать старое монастырское кладбище и сровнять это место с землей, а грунт вывезти на площадку, где строился аэродром. Заключенные разрывали ослабевшими в тюрьме руками холмики и бросали на тачки все, что еще сохранялось в могилах: почти истлевшие кости, черепа с длинными волосами... Вскоре мне досталась еще одна довольно жуткая работа. Уничтожали кладбищенскую церковь, и велено было, начиная с самой верхушки звонницы, отламывать лопаткой кирпичи, сбрасывая их вниз. Голова у меня постоянно кружилась, падение казалось неизбежным... Но в конце концов колокольню разрушили, кладбище расчистили». Большая часть кладбищенских плит была использована для устройства фундаментов зданий госпиталя, дизельной электростанции, детского сада.
От громадного кладбища осталось только 4 плиты: архимандрита Паисия († 4 декабря 1825 г.); иеромонаха Михаила (Рябовский Матвей Варлаамович, р.1813-†15 мая 1877), бывшего казначеем и наместником Соловецкого монастыря; иеромонаха Илариона (Антонов Иван Антонович, р. 1813-†19 марта 1880), бывшего наместником Соловецкого монастыря; иеромонаха Симона в схиме Симеона (Нилотов Семен Макарови р. 1818 - †27 августа 1880) бывшего духовником Соловецкого монастыря. Надпись на его надгробной плите заканчивается словами: «Помня заповедь Божию, отца духовного я чту. И положил сию плиту Креста сего к подножию. Архимандрит Варлаам.
14 июля 1990 года на месте церкви преподобного Онуфрия, от которой сохранилось лишь валунное основание, был установлен крест по инициативе международной культурной миссии «Истоки».
Сейчас на кладбище высятся три креста над могилами насельников обители нашего времени. Первым перешагнул порог вечности в тридцатичетырехлетнем возрасте иеродиакон Иринарх (Михеев, р. 8 апреля 1960 - 7 сентября 1994). Несмотря на тяжкие страдания от неизлечимого недуга, отец Иринарх до последней возможности стремился не оставлять церковного богослужения, оставался всегда радостным и приветливым к окружающим и просил только об одном: «Братия, молите за меня, а я, если стяжаю дерзновение, буду молиться за вас». Слова эти имеют силу: многие из приходящих на старое кладбище помолиться о упокоении иеродиакона Иринарха, получают духовное утешение. Хочется надеяться, что, забрав совсем еще молодого человека, Господь дал монастырской братии небесного предстателя.
6 февраля 2007 года на семидесятом году жизни отошел ко Господу протоиерей Милий (Руднев) - яркий проповедник, внук полкового священника, окормлявшего моряков крейсера «Варяг». В августе 2006 года он впервые приехал на Соловки с паломнической группой из Краснодара. Будучи по возрасту и состоянию здоровья заштатным священником, он согласился по просьбе священноначалия Соловецкого монастыря остаться в обители для помощи в молитвенном поминовении живых и усопших. В тот год было подано так много имен для поминовения на проскомидии, что отец Милий ежедневно по нескольку часов помогал служащим священникам совершать поминовение. Когда через полгода он впервые не пришел на литургию, подумали, что он занемог, но оказалось, что он уже предал Богу душу в келии, готовясь к службе. Отец Милий особенно почитал память новомучеников и исповедников Соловецких, а также усердно поминал все известные имена пострадавших на Соловках в годы гонений православных христиан, и ему суждено было упокоиться у стен храма, где многие из тех, о ком он молился, принимали участие в богослужениях в 1924-1929 годах.
14 октября 2011 года трагически погиб в море во время шторма инок Елисей (Рашковский), потрудившийся в монастыре двадцать лет в иноческом звании. На отпевание кроме братии собрались многие жители поселка, и все вспоминали об отце Елисее как о человеке добрейшей души, всегда открытом чужим нуждам, всегда готовом прийти на помощь, как о безотказном труженике, который мог разобраться в любой технике, все починить, отрегулировать, привезти…»
Из книги: Никона (Осипенко), монахиня. Соловецкая обитель: история и святыни: книга паломника / [Никона (Осипенко), монахиня]; Спасо-Преображен. Соловец. ставропиг. муж. монастырь. - Соловки: Издание Соловецкого монастыря, 2017, стр. 455-459.