Бонапарт в 1807 году восстановил независимую Польшу, под названием Великое герцогство Варшавское, на части её бывшей территории. За это поляки боготворили императора французов и готовы были идти воевать за него хоть на край света (и действительно, в Испании они подавляли антинаполеоновские восстания). С войной против России поляки связывали надежды на восстановление Речи Посполитой в старых границах – с Украиной, Белоруссией и Литвой.
Уже 28 июня (нового стиля) 1812 года, через четыре дня после вторжения, Наполеон вошёл в Вильну – древнюю столицу Литвы. Со дня на день поляки ожидали манифеста о присоединении Литвы к Польше. Но Наполеон поступил иначе.
Вместо этого, он 1 июля 1812 объявил об образовании в Вильне Комиссии Временного правительства Великого княжества Литовского. По мере продвижения наполеоновских войск, под гражданское управление этой Комиссии были отданы территории Ковенской, Виленской, Гродненской, Курляндской и Минской губерний, а также Белостоцкого округа.
Таким образом, Наполеон не включил во временную Литву даже всей территории этого великого княжества, какая была в его составе до первого раздела Речи Посполитой в 1772 году. Могилёвская и Витебская губернии были переданы под управление французских военных губернаторов.
Впрочем, и во временной Литве Наполеон не доверял местным деятелям. Главой Комиссии был назначен в ранге комиссара Франции Луи Биньон (впоследствии, во время «Ста дней» Наполеона в 1815 году, он станет министром иностранных дел Франции). Даже президентом Комиссии Наполеон в сентябре 1812 года сделал своего губернатора в Вильне (которому и так принадлежала там фактическая власть) нидерландского дипломата Дирка ван Гогендорпа.
Комиссия Временного правительства (уже характерно – не само Временное правительство, а только его комиссия) должна была управлять Литвой до окончательного определения её статуса. В этом проявилась неясность политических целей Наполеона при вторжении в Россию. Он не хотел ставить препятствий заключению мира с Александром I путём фактического отторжения территорий от Российской империи. Объявляя о создании в Литве временного порядка управления, Наполеон, не исключал, таким образом, и явственно давал это понять русскому царю, что Литва после войны может остаться в составе России даже при победе Наполеона. Если, конечно, Александр будет себя «хорошо вести».
Внутреннее устроение в литовских губерниях оставалось те же, что и до прихода французских войск. Это было неудивительно, так как за неполных двадцать лет после присоединения к Российской империи они также не были изменены. В городах продолжало действовать магдебургское право. Надежды некоторых крестьян на то, что, как в герцогстве Варшавском, будет за выкуп отменено крепостное право, остались тщетными. Права помещиков остались нетронутыми. Известны случаи, когда по просьбе местных панов французские воинские команды усмиряли выступления крестьян.
Герцогство Курляндское
Автономной территорией в Речи Посполитой было герцогство Курляндское и Семигальское. После присоединения к России в 1795 году оно было ликвидировано. 1 августа 1812 года Наполеон подписал приказ о выделении Курляндской губернии из юрисдикции Временной комиссии Литвы и восстановлении там герцогства.
Государственное строительство в Курляндии зашло несколько дальше, чем в Литве. Наполеон откопал где-то бокового родственника курляндских герцогов, графа Карла фон Медема, и приказал ему сесть на курляндский престол. В Митаве и Либаве были открыты даже официальные консульства Французской империи.
По-видимому, восстановлением Курляндии Наполеон хотел теснее привязать к себе немцев Германии, испытывавших некоторое чувство кровной близости со своими остзейскими соплеменниками. Вдобавок Бонапарт мог считать эту приморскую область важной для режима континентальной блокады Англии. Не исключено, что в победном мирном договоре, который он собирался продиктовать Александру I после занятия Москвы, предусматривался бы отказ России от Курляндии.
Но все эти планы оказались вилами на воде писаны. Оборванные остатки «Великой армии» вошли в Вильно 8 декабря 1812 года, но ещё двумя днями ранее через столицу Литвы инкогнито проехал, спасаясь бегством, сам Наполеон, и Временная комиссия Литвы во главе с Гогендорпом, прознав об этом, немедленно бежала вслед за ним. А 7 декабря 1812 года французская администрация и марионеточный герцог покинули Курляндию.
Когда Наполеон находился ещё в стратегическом тупике в Москве и обдумывал планы дальнейших действий, он интересовался историей казачьего движения на Украине. Возможно, когда он выходил из Москвы, то держал в уме в качестве запасного варианта поход на Украину и попытку поднять там восстание во имя прежних запорожских вольностей. Но этого мы уже не узнаем.
В целом же Наполеон не предпринял серьёзных попыток как-то возбудить и использовать сепаратистские движения против Российской империи. Вероятно, не в последнюю очередь потому, что не видел под ними реальной почвы.