Международный институт исследований риса (IRRI) представил новый ресурс — панель выпущенных сортов (RVP), которая включает более 130 секвенированных сортов риса. Выпуск этого нового набора, организованный отделом инноваций в области селекции риса IRRI, направлен на повышение осведомленности и использования типов растений и генотипов улучшенных сортов риса, выращиваемых фермерами-рисоводами. К ним относятся типы риса, которые популярны в определенных странах, или более устойчивы к последствиям изменения климата.
Семена доступны по запросу ученых и селекционеров через Международный банк генов риса (IRG), а последовательности доступны в базе данных SNP-Seek.
Благодаря платформам о генотипах риса, таких как High-Density Rice Array (HDRA) и проекту «3000 геномов риса) (3000 Rice Genomes Project (3k RGP)) многие селекционеры культуры, стали ближе к коллекции гермоплазмы/местных сортов IRG, выявив множество ценных признаков/генов/QTL/донорских образцов. Однако признаки растений и аллели современных/улучшенных сортов, разработанных селекционерами, могут отличаться от панелей разнообразия.
Платформа RVP может способствовать связыванию исследований риса в восходящем направлении с путями воздействия. Это может помочь предоставить эталоны для сортов с несколькими полезными признаками. Поскольку многие из образцов в RVP в настоящее время выращиваются фермерами-рисоводами, использование этих линий в качестве эталонов может повысить вероятность того, что результаты исследований в восходящем направлении достигнут фермерских полей.
Финансирование и поддержка разработки RVP и усилий по секвенированию происходят от различных партнеров и спонсоров, включая Фонд Билла и Мелинды Гейтс (BMGF), Фонд семьи Зегар (Нью-Йоркский университет), Китайскую академию сельскохозяйственных наук (CAAS) и правительство Шэньчжэня, Китай. Crop Trust оказал поддержку в поддержании коллекций семян Genebank.
Чтобы получить доступ к списку RVP и описаниям образцов на платформе Genesys, вы можете инициировать запрос семян, нажав «Добавить в мой список» и «Запросить материал» и введя свои данные. Альтернативный способ скоро будет доступен через платформу GRIN-Global. Семена можно запросить, создав профиль, выбрав «поиск по списку», перечислив набор RVP образцов (номера IRGC 141079-141216) и отсортировав предпочитаемые семена.
Для обработки запроса на семена уполномоченное лицо в вашей организации должно согласиться со стандартным соглашением о передаче материалов (SMTA), разрешением на импорт и фитосанитарным сертификатом. В зависимости от вашей страны/организации вас могут попросить внести платеж, чтобы помочь покрыть расходы, связанные с Genebank. После выполнения всех требований запрос на семена будет обработан, что может занять около шести недель с момента заказа до отправки.
Наборы SNP (полиморфизмы отдельных нуклеотидов) можно найти в базе данных SNP-Seek International Rice Informatics. Наборы SNP для каждого выпущенного сорта в настоящее время распределены по различным наборам сортов или файлам для загрузки, но будут объединены в один общий набор данных после выпуска версии SNP-Seek 3.
Другая доступная информация о Released Variety Panel — это некоторые фенотипические данные Zenodo, открытом репозитории исследовательских данных. Эти фенотипические данные были получены студентами-стажерами с их руководителями IRRI в рамках программы исследовательского опыта, координируемой Университетом Пердью и поддерживаемой Национальным научным фондом International Research Experiences for Students (NSF-IRES). По вопросам, связанным с SNP-seek, обращайтесь по адресу iric@irri.org.
Источник и фото: IRRI.
Интересна тема? Подпишитесь на наши новости в ДЗЕН | Канал в Telegram | Группа Вконтакте | Дзен.новости.