Предком боксера был брабантский булленбейсер (в переводе с немецкого «быкодав»), в том числе известный как немецкий бульдог. Булленбейсер был похож на испанского бульдога (испанского алано) и использовался для ловли и усмирения отбившихся от стада животных, помощи мясникам при загоне в стойло, а также охоты на крупную дичь. Как это выглядит, показано в передаче «Планета Собака» с Григорием Маневым про испанского алано. Брабантские булленбейсеры были меньше данцигских. Словом «Boxer» или «Boxel» немцы иногда пользовались для названия булленбейсеров.
Уникальный случай представляет собой боксель (boxl), которого держат на берлинской бойне и ценят на вес золота. Если какое-то животное разъярится так, что ни одна собака не способна с ним справиться, то зовут бокселя. Тот впивается зубами в нос животного и загоняет в стойло, где его можно отловить. Если это не помогает, он кусает его за жизненно важные органы, после чего даже совсем обезумевшее животное приходит в себя. Не проходит и дня, чтобы этот кобель не принес пользы и не проявил своего ума. /1891 год/
В 1887 году Георг Альт привез в Мюнхен суку брабантского булленбейсера по кличке Флора (Alt's Flora I 49). Там ее повязали с местным булленбейсером неизвестного происхождения. Одного из полученных щенков, кобеля по кличке Бокс (Lecher's Box 48), повязали с собственной матерью Флорой I.
Родились две суки — Флора II (Alt's Flora II) и Шекин (Alt's Scheckin 50). Шекин повязали с английским бульдогом по кличке Том (Dr. Toenniessen's Tom). Флору II повязали с собственным отцом. Одним из потомков этих двух вязок была внучка Шекин и, одновременно, правнучка Флоры II, сука Мета (Meta v.d. Passage 30), которая была отличным производителем и которую называют праматерью всех боксеров.
Потомки этих двух вязок с еще тремя булленбейсерами положили начало всей породе боксер.
В 1895 году боксер был впервые представлен на выставке в Мюнхене как самостоятельная порода. Это была всего одна собака по кличке Флокки (Muhlbauer's Flocki 1) — первый боксер, внесенный в племенную книгу.
В этом же году был учрежден Немецкий Боксер-Клуб. 1895 год считается годом создания породы.
В 1902 году был принят первый стандарт породы, где был указан рост от 45 до 55 см, который впоследствии был увеличен. В 1921 году порода была признана служебной, в 1925 году белый, черный и пятнистый окрасы были запрещены.
Современный тип боксера был получен художницей и заводчицей Фридериум Штокманн в ее питомнике "фон Дом" (v. Dom).