Предком боксера был брабантский булленбейсер (в переводе с немецкого «быкодав»), в том числе известный как немецкий бульдог. Булленбейсер был похож на испанского бульдога (испанского алано) и использовался для ловли и усмирения отбившихся от стада животных, помощи мясникам при загоне в стойло, а также охоты на крупную дичь. Как это выглядит, показано в передаче «Планета Собака» с Григорием Маневым про испанского алано. Брабантские булленбейсеры были меньше данцигских.
В 1887 году Георг Альт привез в Мюнхен суку брабантского булленбейсера по кличке Флора (Alt's Flora I 49). Там ее повязали с местным булленбейсером неизвестного происхождения. Одного из полученных щенков, кобеля по кличке Бокс (Lecher's Box 48), повязали с собственной матерью Флорой I.
Родились две суки — Флора II (Alt's Flora II) и Шекин (Alt's Scheckin 50). Шекин повязали с английским бульдогом по кличке Том (Dr. Toenniessen's Tom). Флору II повязали с собственным отцом. Одним из потомков этих двух вязок была внучка Шекин и, одновременно, правнучка Флоры II, сука Мета (Meta v.d. Passage 30), которая была отличным производителем и которую называют праматерью всех боксеров.
Потомки этих двух вязок с еще тремя булленбейсерами положили начало всей породе боксер. Словом «Boxer» или «Boxel» немцы иногда пользовались для названия булленбейсеров.
Уникальный случай представляет собой боксель (boxl), которого держат на берлинской бойне и ценят на вес золота. Если какое-то животное разъярится так, что ни одна собака не способна с ним справиться, то зовут бокселя. Тот впивается зубами в нос животного и загоняет в стойло, где его можно отловить. Если это не помогает, он кусает его за жизненно важные органы, после чего даже совсем обезумевшее животное приходит в себя. Не проходит и дня, чтобы этот кобель не принес пользы и не проявил своего ума. /1891 год/
В 1895 году боксер был впервые представлен на выставке в Мюнхене как самостоятельная порода. Это была всего одна собака по кличке Флокки (Muhlbauer's Flocki 1) — первый боксер, внесенный в племенную книгу.
В этом же году был учрежден Немецкий Боксер-Клуб. 1895 год считается годом создания породы.
В 1902 году был принят первый стандарт породы, где был указан рост от 45 до 55 см, который впоследствии был увеличен. В 1921 году порода была признана служебной, в 1925 году белый, черный и пятнистый окрасы были запрещены.
Современный тип боксера был получен художницей и заводчицей Фридериум Штокманн в ее питомнике "фон Дом" (v. Dom).