Рафаэль Варан начал свой путь в большом футболе в "Лансе". Уже через год перспективного защитника заметили боссы мадридского "Реала" и предложили ему контракт на шесть лет. Сумма выкупа у "Ланса" составила 10 млн €. В составе "сливочных" Варан провел 360 матчей, став автором 17 голов. Звездный защитник за 10 сезонов в Мадриде завоевал Кубок Испании, трижды выиграл Ла Лигу, Суперкубок Испании и Суперкубок УЕФА, по четыре раза Лигу Чемпионов и Клубный чемпионат мира.
27 июля 2021 года Рафаэль Варан перешел в "Манчестер Юнайтед" за 34 млн фунтов стерлингов. В составе "Красных дьяволов" француз отыграл 95 матчей, выиграв два трофея. Кубок Английской футбольной лиги и Кубок Англии.
Последним клубом в карьере 31-летнего звездного защитника стал итальянский "Комо". Уже в первом матче, под руководством Сеска Фабрегаса, экс-защитник сборной Франции получил травму колена, после которой им было принято решение о завершении карьеры профессионального футболиста.
— В своей карьере я сталкивался со многими трудностями, почти всё это казалось невозможным. Невероятные эмоции, особые моменты и воспоминания останутся на всю жизнь. Размышляя об этих моментах, я с огромной гордостью и чувством удовлетворения объявляю о своем уходе из игры, которую мы все любим.
Я ни о чем не жалею, не изменил бы ничего. Я выиграл больше, чем мог даже мечтать, но, оставляя в стороне трофеи и достижения, хочу сказать, что я горжусь тем, что не изменял своим принципам, был искренен, — написал Варан на своей странице в соцсетях.
Он добавил, что останется в «Комо», но больше не будет «использовать бутсы и щитки».
Стоит отметить и достижения Рафаэля Варана на международном уровне, в составе сборной Франции. В 2018 году защитник стал Чемпионом Мира. В сезоне 2020/21 французы выиграли Лигу Наций УЕФА. На Чемпионате Мира 2022, который проходил в Катаре, сумели добыть Серебро, уступив в финале сборной Аргентине, ведомой Месси.