Родился 4 февраля 1877 года в Токате. Окончил Санасарянский колледж в Карине. Изучал богословие в Германии в течение двух лет. Доктор теологии. Посвятил себя религии, в 1908 году стал вардапетом: принял обет безбрачия и был рукоположен в монашество под именем Григорис Балакян.
Считался одним из ведущих умов армянской интеллигенции в Османской империи. 24 апреля 1915 года был в числе 250 ведущих армянских деятелей Константинополя, которые были арестованы и депортированы. Одну группу депортировали в Аяш. Балакян был депортирован в Чанкыры, вместе с остальными 190 депортированными из столицы. Только 16 из них выжили. Он двинулся с 48 депортированными из Чанкыры в направлении Дейр-эз-Зора в Сирийской пустыне.
По дороге Балакян вошёл в доверие к капитану полиции Шукри-бею и узнал о плане османского правительства истребить всё армянское население. Балакяну чудом удалось сбежать в сторону Ислахие. Несмотря на периоды крайнего отчаяния и пессимизма, он выживает, прожив долгое время, как дикое животное, в грязи, под дождём и снегом. Наконец, ему удаётся добраться до группы рабочих на Багдадской железной дороге, где турецкие дезертиры выполняли принудительные работы вместе с армянскими беженцами. Пока армянских рабочих убивали между Марашем и Барче, Балакян бежал на другую стройку Багдадской железной дороги. Ему помогли немецкие инженеры, и в конце концов ему удалось — переодевшись господином Бернштейном — бежать через Константинополь в Париж.
На берлинском процессе 1921 года против Согомона Тейлиряна, убийцы Талата-паши, Балакян выступал в качестве свидетеля со стороны обвиняемого вместе с Иоганнесом Лепсиусом. В том числе благодаря его разоблачению политики младотурок в отношении армян Согомон был оправдан. Впоследствии Балакян стал прелатом армян Великобритании в Манчестере, а затем в Лондоне, и, наконец, епископом Марселя. Под его руководством были построены две церкви в Марселе и Ницце (церковь Святой Марии, 1928), а также ряд часовен и школ.
Умер 8 октября 1934 года в Марселе. Похоронен на кладбище Сен-Пьер в Марселе. Балакян автор ряда книг и монографий (некоторые из них утеряны) об армянской культуре и истории, в том числе «Развалины Ани» (1910) и «Армянская Голгофа», том 1 (1922) и том 2 (1959). Многие его книги в 1915 году были конфискованы и полностью уничтожены турецким правительством. Балакян приходится двоюродным дедушкой литературным критикам Анне Балакян (возглавлявшей кафедру сравнительного литературоведения Нью-Йоркского университета) и Ноне Балакян (редактор New York Times Sunday Book Review и основатель Национального кружка книжных критиков), а также двоюродным прадедушкой Питеру Балакяну, американскому писателю, лауреату Пулитцеровской премии за поэзию 2016 года. Мемуары Балакяна «Армянская Голгофа» являются важным свидетельством очевидца геноцида. Балакян был одним из немногих выживших лидеров армянской общины, давших отчёт о «депортации». Комитас входил в ту же группу задержанных, что и Балакян. Его информация о душевной травме знаменитого композитора и основоположника современной армянской классической музыки имеет огромное значение.
В своей книге «Армянская Голгофа» Балакян осуждает великие державы за безразличие к горю армян, но также указывает пальцем на свой собственный народ, осуждая армянских предателей, а также показывает, как открытость ума и сердца армян сделала их жертвами. Многим армянам было трудно поверить, что их можно так злобно ненавидеть. И лишь несколько раз армянский народ понимал, с кем имеет дело, вследствие чего продемонстрировав героическую самооборону: Зейтун, Муса-Даг, Ван, Сардарапат.