Андрей Малахов долгое время был завидным холостяком. Его первой настоящей любовью стала оперная певица из Швеции Лиза, которая была старше его на 14 лет. Они познакомились, когда Малахов был студентом МГУ, и прожили вместе 7 лет в Москве, но девушка сильно тосковала по родине и хотела вернуться в Стокгольм, а Андрей не хотел переезжать. После расставания Лиза покончила с собой, выбросившись из окна.У Малахова также были отношения с бизнесвумен Мариной Кузьминой и актрисой Еленой Кориковой
. Он даже хотел сделать предложение Елене на вручении премии "ТЭФИ-2005", но она не пришла на церемонию.В 2011 году Андрей Малахов женился на Наталье Шкулевой, издателе журнала ELLE, дочери журналиста и издателя Виктора Шкулева. Свадьба состоялась в Версальском дворце в Париже.16 ноября 2017 года у Андрея и Натальи родился сын. Малахов устроил голосование среди зрителей своего шоу, чтобы помочь выбрать имя для ребенка, победил вариант - Александр.
Сын Андрея Малахова Александр, родившийся в 2017 году, пошел в первый класс частной школы в центре Москвы. Родители выбрали для него "Школу Сотрудничества", которая считается одной из лучших в столице.Обучение в этой элитной школе обходится Малахову и его супруге Наталье Шкулевой в 152 тысячи рублей в месяц.
За эти деньги сын телеведущего будет посещать различные кружки и секции, питаться по особому меню три раза в день, а также иметь возможность оставаться в школе до 19 вечера под присмотром воспитателей.Несмотря на популярность родителей, они стараются держать своего ребенка подальше от публичности. Малахов и Шкулева приняли участие в праздничной линейке по случаю начала учебного года, но старались не привлекать к себе излишнего внимания.