С 1605 по 1606 гг Караваджо пишет одну из своих известнейших работ, которую в народе окрестили как «Мадонна со змеей». На полотне мы видим Деву Марию, Святую Анна, и маленького Христа, который помогает Богоматери своей маленькой ножкой раздавить змея, известный символ зла, порока и искушения…Картина производит неизгладимое впечатление, но любопытно, что церковнослужители картину отвергли, и на алтаре церкви Сана-Анна, по заказу которой и была написана, провисела лишь несколько дней, а затем была выкуплена и осела в частной коллекции кардинала Шипионе Боргезе, который благополучно сохранил ее (на данный момент ее можно найти в Галере Боргезе в Риме).
Достоверно неизвестно, почему церковники отвергли картину, но существует несколько версий. Первая из них заключается в том, что искусство Караваджо было слишком смелым, если не сказать наглым; он беззастенчиво изображал святых и пророков придавая им «земные», присущие всем людям чувств и эмоции, сделанные из плоти и крови, его святые ходили по земле, а не парили в небесах - для того времени это было недопустимо, особенно в условиях контрреформации; второй причиной могло оказаться то, что для изображении Богоматери Караваджо взял в качестве натурщицы свою любовницу и по слухам местную куртизанку Елену; была ли она на самом деле куртизанкой, достоверно неизвестно, Караваджо уверял, что нет, но слухи вещь упрямая, и способны испортить репутацию так, что назад дороги не будет.
Помимо этого «Мадонну со змеей» обвиняли в излишках оголенного тела: в основном смущала грудь Марии и нагота Христа.
В общем причин оказалось достаточно, чтобы упрятать картину далеко и надолго с глаз долой публики. Но что поделать, когда живопись является одним из важнейших способов влияния на умы, допускать такие вольности, какие допускал Караваджо в своих работах и выставлять это на всеобщее обозрение - не позволительно; как бы на самом деле работа не была великолепна, и в какой религиозный трепет бы она не приводила, она оказалась запертой на долгие годы в частной коллекции.