Основная сюжетная линия игры вращается вокруг троих божественных правителей Морровинда и противостоящего им живого божества по имени Дагот Ур. Как члены Трибунала Вивек, Альмалексия и Сота Сил, так и Дагот Ур в древности были смертными сподвижниками великого героя по имени Неревар Индорил в войне против народа двемеров. В то время как Трибунал признает Морровинд частью Тамриэльской империи, Дагот Ур, получивший огромную власть благодаря артефакту под названием Сердце Лорхана, желает подчинить провинцию себе. Для этой цели он возглавляет культ под названием Шестой Дом и сооружает в недрах вулканической Красной Горы гигантского голема по имени Акулахан, подобного Нумидиуму из The Elder Scrolls 2: Daggerfall Моровые бури, связанные с Дагот Уром, разносят по Варденфеллу заразные заболевания. Власти Тамриэльской империи отправляют героя на остров Вварденфелл на корабле, где освобождают и направляют к Каю Косадесу — члену секретной организации Клинков, подчиняющейся императору. На игрока во