Российский университет медицины готовит квалифицированных врачей. Выдающиеся ученые, включая Н.А. Семашко и П.Г. Дауге, внесли значительный вклад в развитие медицинской науки в университете. Их усилия привели к тому, что зубоврачевание стало важной медицинской дисциплиной.
В феврале 1920 года объединились различные учреждения зубоврачебной области в Доме советского зубоврачевания. Этот научный центр был официально открыт 2 апреля 1922 года как Государственный институт зубоврачевания под руководством М.Б. Янковского.
Институт зубоврачевания стал центром стоматоодонтологических исследований, фокусируясь на изучении кариеса и пирореи. После смерти Янковского в 1923 году, директором института стал А.И. Евдокимов. Евдокимов, утвержденный на должность, благодаря своему таланту и заслугам, способствовал развитию института. В 1927 году институт был переименован в ГИСО и продолжил обучение зубных врачей, оказывал стоматологическую помощь и занимался научными проблемами стоматологии.
В 1932 году ГИСО стал Государственным научно-исследовательским институтом стоматологии и одонтологии, началась плановая научная работа. В институте были созданы отделения: патофизиологическое, морфологическое, хирургическое, соцстоматологии, а также лаборатория по стальному протезированию. В 1933 году начала функционировать Центральная научно-исследовательская зубопротезная лаборатория для массового изготовления стальных зубных протезов.
9 июня 1935 года был основан Московский стоматологический институт на базе ГНИИСО. Оба института размещались в одном здании, имели общее руководство, финансовую и материальную базу.
Новый институт стал научно-исследовательским и педагогическим центром, занимавшимся разработкой проблем стоматологии и подготовкой кадров. С 1935 года в МСИ открывались кафедры различных дисциплин, а в 1937 году появились кафедры терапевтической, хирургической и ортопедической стоматологии.
1 сентября 1939 года произошло объединение Государственного научно-исследовательского института стоматологии и одонтологии с Московским стоматологическим институтом, создав Московский Государственный стоматологический институт. Директором стал Д.С. Дышлис, а в этом же году был выпущен первый класс врачей-стоматологов.
К началу Великой Отечественной войны институт насчитывал 25 кафедр и проводил исследования по различным аспектам стоматологии.
В первые дни войны выпускники МГСИ 1941 года были призваны в Красную армию и флот. В октябре 1941 года прошел ускоренный выпуск, в числе выпускников были будущие профессора и директор из института. Директор института Д.С. Дышлис отправился в город Ижевск для подготовки к эвакуации института.
На базе МГСИ был организован челюстно-лицевой госпиталь, где работали сотрудники поликлиники и студенты стоматологического факультета. Благодаря хорошо организованной сети специализированных учреждений 85% раненых в области лица и челюсти было излечено. В 1944 году А.И. Евдокимов стал директором МГСИ, который возобновил работу в новом здании бывшей школы.
В 1949 году стоматологические институты стали медицинскими стоматологическими учреждениями с 5-летним обучением. МГСИ был преобразован в Московский медицинский стоматологический институт, который стал научным и консультативным центром стоматологии. В 1950 году институт возглавил Г.Н. Белецкий, организатор здравоохранения, который улучшил условия обучения и расширил клиническую базу.
В 1964-1965 годах институт возглавлял профессор А.И. Дойников, который был автором учебников, монографий, а также имел 37 авторских и патентных свидетельств, многие из которых применялись в промышленном производстве. В течение многих лет А.И. Дойников также занимал должность Главного стоматолога IV Главного Управления Минздрава.
Ректор А.И. Белоусов поддержал инициативу открытия лечебного факультета в 1968 году, который готовил врачей для Москвы и Московской области. Были созданы новые курсы и кафедры, подобраны высококвалифицированные преподаватели, и улучшена работа учебной части и деканата. В 1975 году в институте был открыт факультет повышения квалификации.
С 1982 по 2002 год ректором института был профессор Е.И. Соколов, при его руководстве институт расширил стоматологическую базу, открыл новые кафедры и увеличил выпуск врачей. В 1986 году институт открыл вечернее отделение стоматологического факультета, а в последующие годы создал факультеты по постдипломному образованию, зубной технике, усовершенствованию врачей-стоматологов и клинической психологии.
В 2007 году в МГМСУ были избраны новые ректор и президент – О.О. Янушевич и Н.Д. Ющук соответственно.
В 2010 году открылся факультет социальной работы.
В 2012 году университет получил имя Александра Ивановича Евдокимова.
В 2014 году МГМСУ была удостоена премии Правительства РФ, а в 2015 году был создан стоматологический научно-образовательный медицинский кластер.
МГМСУ вошел в программу «Приоритет-2030» и отметил столетие университета в 2022 году.
В оценке Министерства науки и высшего образования России за 2021 год университет занял второе место среди 1208 вузов и первое место среди медицинских и фармацевтических вузов. В декабре 2023 года университет получил новое название – Российский университет медицины Минздрава России.