После событий «Чужих» на борту космического корабля колониальной морской пехоты «Сулако» вылупляется яйцо, выпускающее лицехвата. Начинается пожар, и бортовой компьютер запускает спасательную капсулу с Эллен Рипли, Ньютом, Хиксом и поврежденным андроидом Бишопом; все четверо находятся в криостазисе. Капсула совершает аварийную посадку на Фиорине «Ярость» 161, литейном цехе и исправительном учреждении строгого режима, где содержатся мужчины-заключенные с генетической предрасположенностью к антисоциальному поведению. Заключенные находят разбитую капсулу и ее пассажиров. Лицохват приближается к собаке заключенного Томаса Мерфи, Спайку.
Рипли будит Клеменс, главный врач тюрьмы, который сообщает ей, что она единственная выжившая. Тюремный надзиратель Гарольд Эндрюс говорит, что ее присутствие может иметь разрушительные последствия. Рипли настаивает на том, чтобы Клеменс провел вскрытие Ньют, а затем сжег ее и Хикса, опасаясь, что Ньют может нести в себе инопланетный эмбрион. Несмотря на протесты надзирателя и его помощника Аарона, вскрытие проводится, и эмбриона не обнаруживается. Похороны продолжаются, духовный лидер Диллон произносит речь, пока покойных бросают в печь. В другом месте тюрьмы из Спайка вырывается четвероногий инопланетянин.
Рипли находит поврежденного Епископа на свалке тюрьмы, прежде чем ее загоняют в угол четыре заключенных и почти изнасилуют. После спасения Диллоном Рипли возвращается в лазарет и повторно активирует Епископа, который, прежде чем попросить о постоянном отключении, подтверждает, что с ними во Фиорину прибыл Лицехват, о чем знает корпорация Weyland-Yutani. Вырастая до полного размера, инопланетянин убивает Мерфи, Боггса и Рейнса. Он также возвращает изгоя-заключенного Голика в его прежнее психопатическое состояние. Рипли сообщает Эндрюсу о своих предыдущих встречах с Ксеноморфом[a] и предлагает всем объединить усилия, чтобы выследить и убить его. Однако на объекте нет оружия; их единственная надежда — спасательный корабль, отправленный за Рипли компанией Weyland-Yutani.
Чужой устраивает засаду Рипли и Клеменса в тюремном лазарете, убивает его и загоняет ее в угол. Однако он таинственным образом щадит ее и отступает. Рипли спешит в кафетерий, чтобы предупредить остальных. Эндрюс приказывает Аарону отвезти ее обратно в лазарет, но самого надзирателя затаскивает в вентиляционные отверстия и убивает Чужой. Рипли собирает заключенных и предлагает им вылить легковоспламеняющиеся токсичные отходы в вентиляционную систему и поджечь ее, чтобы выгнать Чужого. Однако его вмешательство вызывает преждевременный взрыв, и несколько заключенных погибают. С помощью Аарона Рипли сканирует себя с помощью медицинского оборудования спасательной капсулы и видит, как внутри нее растет эмбрион Королевы Чужих. Она также обнаруживает, что Weyland-Yutani надеется превратить пришельцев в биологическое оружие.
Чужой не убьет ее из-за эмбриона, который она носит, поэтому Рипли умоляет Диллона сделать это; он соглашается, только если она поможет заключенным сначала убить Чужого. Они составляют план, чтобы заманить Чужого в литейный цех, поймать его и утопить в расплавленном свинце. План «приманка и преследование» приводит к гибели всех оставшихся заключенных, кроме Диллона и Морса. Диллон жертвует собой, чтобы расположить Чужого по отношению к форме, пока Морс выливает на них расплавленный свинец. Хотя Чужой покрыт расплавленным металлом, он вырывается из формы. Рипли активирует пожарные разбрызгиватели, разнося Чужого по частям от теплового удара.
Прибывает команда Вейланда-Ютани, включая коммандос и человека, который выглядит идентично Бишопу, который говорит, что он создатель Бишопа.[b] Он пытается убедить Рипли пройти операцию по удалению эмбриона королевы пришельцев, утверждая, что он будет уничтожен. Рипли отказывается и отступает на мобильную платформу, которую Морс устанавливает над печью. Команда Вейланда-Ютани стреляет Морсу в ногу, чтобы остановить его; Аарон бьет двойника Бишопа гаечным ключом и его застреливают коммандос. Игнорируя мольбы отдать им эмбрион, Рипли бросается в печь, удерживая в плену детеныша королевы, когда тот извергается из нее. Объекты закрываются. Морс, единственный выживший, уводится, пока проигрывается последняя запись в бортовом журнале Рипли с «Ностромо».