Эллен Рипли провела в стазисе 57 лет на борту спасательного шаттла после того, как уничтожила свой корабль «Ностромо», чтобы спастись от инопланетного существа, которое убило остальную часть экипажа.[i] Ее спасают и допрашивают ее работодатели из корпорации Weyland-Yutani, которые скептически относятся к ее заявлению о яйцах инопланетян на заброшенном корабле на экзолуне LV-426,[ii] теперь являющейся местом расположения колонии терраформирования.
После потери контакта с колонией представитель Weyland-Yutani Картер Берк и лейтенант колониальной морской пехоты Горман просят Рипли сопровождать их для расследования. Все еще травмированная своей встречей с инопланетянами, она соглашается при условии, что они уничтожат существ. Рипли знакомится с колониальными морскими пехотинцами на космическом корабле Sulaco, но не доверяет их андроиду, Бишопу, потому что андроид на борту Nostromo предал свой экипаж, чтобы защитить инопланетянина по приказу компании.
Десантный корабль доставляет экспедицию на поверхность LV-426, где они находят разрушенную войной колонию и двух живых инопланетных лицехватов в защитных резервуарах, но никаких тел или колонистов, за исключением травмированной молодой девушки по прозвищу Ньют. Команда находит колонистов под станцией обработки атмосферы, работающей на термоядерном синтезе, и направляется к их местоположению, спускаясь в коридоры, покрытые инопланетными выделениями. В центре станции морпехи находят вскрытые яйца и мертвых лицехватов вместе с закутанными в кокон колонистами, которые теперь служат инкубаторами для потомства существ. Морпехи убивают младенца-инопланетянина после того, как он вырывается из груди колониста, пробуждая нескольких взрослых инопланетян, которые устраивают засаду на морпехов, убивая или захватывая многих из них. Когда неопытный Горман паникует, Рипли берет на себя командование, берет под контроль их бронетранспортер и таранит гнездо, чтобы спасти капрала Дуэйна Хикса и рядовых Хадсона и Васкеса. Хикс приказывает челноку спасти выживших, но безбилетный инопланетянин убивает пилотов, в результате чего челнок врезается в станцию. Почти без боеприпасов и ресурсов выжившие забаррикадировались внутри колонии.
Рипли обнаруживает, что Берк приказал колонистам исследовать заброшенный космический корабль, содержащий инопланетные яйца, намереваясь получить прибыль, вернув их для исследований биологического оружия. Прежде чем она успевает его разоблачить, Бишоп сообщает группе, что крушение челнока повредило систему охлаждения электростанции, и вскоре станция перегреется и взорвется, уничтожив колонию. Он добровольно отправляется к передатчику колонии и дистанционно управляет оставшимся челноком Сулако на поверхность.
Заснув в медицинской лаборатории, Рипли и Ньют просыпаются и обнаруживают себя в ловушке с двумя выпущенными лицехватами. Рипли включает пожарную сигнализацию, чтобы предупредить морских пехотинцев, которые спасают их и убивают существ. Она обвиняет Берка в том, что он выпустил лицехватов, чтобы имплантировать ей и Ньют инопланетные эмбрионы, что позволило ему провезти их через карантин Земли. Внезапно отключается электричество, и инопланетяне нападают через потолок. В последовавшей перестрелке инопланетяне убивают Берка, усмиряют Хадсона и ранят Хикса; загнанные в угол Горман и Васкес жертвуют собой, чтобы избежать плена. Ньют отделяется от Рипли и захвачена существами. Рипли приводит Хикса к Бишопу на втором десантном корабле, но она отказывается бросать Ньют и вооружается, прежде чем спуститься в улей станции обработки в одиночку, чтобы спасти ее. Во время побега они сталкиваются с инопланетной королевой, окруженной десятками яиц, и когда одно из них начинает открываться, Рипли использует свое оружие, чтобы уничтожить их все и яйцеклад королевы. Преследуемые разъяренной королевой, Рипли и Ньют присоединяются к Бишопу и Хиксу на челноке и сбегают за несколько мгновений до взрыва станции, поглотившего колонию в ядерном взрыве.
На борту «Сулако» группа попадает в засаду королевы, которая спряталась в посадочном шасси челнока. Королева разрывает Бишопа пополам и наступает на Ньюта, но Рипли сражается с существом с помощью грузового погрузчика экзокостюма и выбрасывает его через шлюз в космос, в то время как поврежденный Бишоп охраняет Ньюта. Затем Рипли, Ньют, Хикс и Бишоп впадают в гиперсон для обратного путешествия на Землю.