Космический зонд Weyland-Yutani исследует обломки USCSS Nostromo, собирая органический объект, содержащий ксеноморфа.
Рейн Кэррадайн, сирота, работает со своим приемным братом Энди, перепрограммированным синтетическим человеком, в колонии Звезда Джексона. После того, как Weyland-Yutani принудительно продлевает ее контракт, она соглашается присоединиться к своему бывшему парню Тайлеру на заброшенном космическом корабле, чтобы добыть камеры криостаза. Эти камеры позволят Рейн и ее друзьям — Тайлеру, его беременной сестре Кей, кузену Бьорну и девушке Бьорна Наварро — сбежать на планету Ивага. Способность Энди взаимодействовать с бортовой компьютерной системой имеет решающее значение для миссии. Рейн не решается отправить Энди, но Тайлер и Энди убеждают ее позволить ему помочь. Они летят на тягаче Corbelan к космическому кораблю, который оказывается станцией, разделенной на части Romulus и Remus, отсылка к римской легенде о Ромуле и Реме. Во время извлечения стазисных камер Тайлер, Бьорн и Энди случайно оживляют замороженных лицехватов и запускают блокировку. Чтобы обойти блокировку, Рейн устанавливает чип от поврежденного андроида, Рука, в Энди, предоставляя ему доступ к станции, а также обновляя его мыслительный процесс и общую эффективность. Без ведома остальных, это также меняет его «главную директиву», делая его преданным исключительно Weyland-Yutani.
Когда группа покидает камеру, лицехват вцепляется в Наварро. Рейн реактивирует Рука, который сообщает, что экипаж станции был убит Ксеноморфом и его клонами. Пока Тайлер пытается удалить существо, Рук предупреждает, что оно, возможно, внедрило «семя». Несмотря на попытки Энди остановить его, Бьорн сбегает с Наварро на «Корбелане». Из Наварро вылетает грудолом, убивая ее. «Корбелан» с Кей и Бьорном на борту врезается в ангар «Ромулуса», подвергая опасности орбиту станции и оставляя менее часа до столкновения с планетарными кольцами Джексона. Кей теряет сознание от удара, а грудолом сбегает на корабль. Она приходит в сознание и сталкивается с Бьорном, который обнаруживает и атакует Ксеноморфа, вынашивающего свою взрослую форму, прежде чем умереть от его кислотной крови.
Рейн и Тайлер направляются в отсек, избегая лицехватов. Кей сбегает с «Корбелана», но их преследует Ксеноморф, пытающийся заманить остальных в ловушку. Энди отказывается открывать дверь, чтобы не подвергать всех риску, и они беспомощно наблюдают, как на Кей нападают и утаскивают. Энди находит образцы соединения, которое ученые извлекли из ксеноморфов, которые Рук называет «Огнём Прометея», предназначенного для «совершенства» людей. Рук настаивает на том, чтобы образцы были доставлены в колонию, и не позволяет Корбелану уйти без них. Рейн и Тайлер спасают Кей из кокона, но Тайлер погибает, а Энди становится недееспособным. Тяжело раненая Кей вводит себе соединение во время их побега. Рейн возвращается на «Ромул», помогает Энди, удаляя контрольный чип, тем самым возвращая его преданность Рейн, и отключает гравитацию корабля, чтобы стрелять в ксеноморфов, не допуская попадания их крови на корпус. Они возвращаются на «Корбелан» как раз перед тем, как станция врезается в кольца, уничтожая Рук.
Пока Рейн и Энди готовятся к путешествию на Ивагу, Кей, пораженная инъекцией соединения, рождает быстрорастущего гибрида человека и ксеноморфа. Гибрид убивает Кей и ранит Энди, но Рейн удается вытолкнуть существо в кольца Джексона. Она помещает Энди в камеру и записывает в журнал их прибытия в Ивагу, прежде чем сама войти в стазис.