Основной, или первичный, генеалогический источник генеалогии казаков — это все те же классические метрические книги. Найти их можно в региональных архивах, РГВИА (за 1830‒1880-е годы) и ЦГИА СПб (за 1880‒1914 годы).
Основная часть всех казаков второй половины XIX-начала XX века были православными в рамках официальной Православной Церкви. Однако надо помнить, что на Дон и Яик с последней четверти XVII века потянулись противники никоновских реформ.
Кроме того, в составе Войска Донского служили калмыки-буддисты, в составе Забайкальского казачьего войска — и буряты-буддисты, и тунгусы-шаманисты. В Оренбургском казачьем войске казаки-башкиры исповедовали ислам. Небольшой инославный элемент присутствовал в Терском казачьем войске.
А вот со вторым по популярности источником — ревизскими сказками — у казаков дело обстоит никак, или почти никак. Проводить ревизии населения, не обложенного подушным окладом, просто не было необходимости. Некоторые исключения по части проведения ревизий мы встречаем на Кубани и в Забайкалье. В Черноморском казачьем войске из-за не полностью разрешенного его статуса, а также значительного в его составе крестьянского элемента были проведены ревизии в 1811, 1812, 1816 и 1835 годах в станицах Кавказского линейного казачьего войска. В Забайкальской области ревизия 1858 года была проведена для уточнения численности учрежденного в 1851 году Забайкальского казачьего войска.
За XVIII век сохранилось немало разнообразных списков, присяг и прочих перечневых документов. Особой полнотой отличаются списков казаков к переселению. Кроме того, полезным источником могут оказаться материалы Первой Всероссийской переписи населения 1897 года.
Полный перечень конкретных документов, которые пригодятся для поиска казаков, можно найти здесь.